เภสัชกรรมเป็นศาสตร์ที่กำเนิดควบคู่มาพร้อมกับวิวัฒนาการของมนุษย์แต่ครั้งสมัยก่อนประวัติศาสตร์ มนุษย์สมัยนั้นเลียนแบบสัตว์ป่าและธรรมชาติในการรักษาและเยียวยาตนเอง การลองผิดลองถูกของมนุษย์โบราณทำให้เกิดการสั่งสมองค์ความรู้สืบมากจากรุ่นสู่รุ่น ต่อมาเมื่อเข้าสู่ยุคประวัติศาสตร์ อาณาจักรเมโสโปเตเมียมีการบันทึกเภสัชตำรับฉบับแรกของโลก ในอียิปต์โบราณมีการค้นพบหลักฐานทางเภสัชกรรมสำคัญคือ "ปาปิรุสอีเบอร์" เมื่อประมาณ 1,500 ปีก่อนคริสต์ศักราช เป็นหลักฐานการรวบรวมยาในสมัยนั้นกว่า 800 ขนาน

ในสมัยกรีกโบราณมีนักปราชญ์ที่มีชื่อเสียงด้านการแพทย์คือ ฮิปโปเครตีส ซึ่งได้รับการยกย่องให้เป็นบิดาการแพทย์ยุโรป ได้เขียนตำราทางการแพทย์และเภสัชกรรมกว่า 60 เรื่อง องค์ความรู้ที่เขาค้นพบนั้นถ่ายทอดมายังอาณาจักรโรมัน โดยเฉพาะกาเลน แพทย์ชาวโรมันที่มักปรุงยาต่าง ๆ ด้วยตนเอง ความสามารถของเขาได้รับการยอมรับและได้รับการแต่งตั้งเป็นแพทย์ประจำราชสำนัก เขาค้นพบยาขนานใหม่ ๆ ทำให้ได้รับการยกย่องให้เป็น "บิดาแห่งเภสัชกรรม" เขายังศึกษาความรู้ทางกายวิภาคศาสตร์ ศัลยศาสตร์ พยาธิวิทยา และเภสัชกรรม โดยภายหลังมีการตีพิมพ์ผลงานกว่า 22 เล่ม

ภายหลังอาณาจักรโรมันสูญสิ้นอำนาจแล้ว ความรู้ทางการแพทย์และเภสัชกรรมได้ถ่ายทอดไปยังชาวอาหรับที่แปลบทความภาษากรีกหลายเล่ม และถ่ายทอดความรู้เหล่านี้สู่ชาวยุโรปผ่านพ่อค้าที่เข้ามาค้าขาย เนื่องจากยุโรปในสมัยนั้นอยู่ในการปกครองของศาสนจักรที่ไม่สนับสนุนการค้นคว้าทางการแพทย์และเภสัชกรรม รวมถึงวิทยาการด้านอื่น ๆ ประชาชนชาวยุโรปสมัยนั้นต้องเข้ารับการรักษากับบาทหลวง ความรู้ทางการแพทย์ที่ดำรงในศาสนาจักรนั้นไม่ได้เผยแพร่ให้กับประชาชนโดยทั่วไป เนื่องจากป้องกันปัญหาการใช้ความรู้ในการเอาเปรียบประชาชน ทำให้ความรู้ทางการแพทย์และเภสัชกรรมไม่ได้รับการพัฒนา ต่อมาได้มีการตั้งร้านยาขึ้นในยุโรปเป็นครั้งแรก ณ เมืองโคโลญ ประเทศฝรั่งเศส และในสมัยสมเด็จพระจักรพรรดิฟรีดริชที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ได้มีการแบ่งเภสัชกรรมออกจากการแพทย์โดยพระองค์ทรงประกาศกฎหมายวิชาชีพเภสัชกรรมเมื่อปี ค.ศ. 1240 ซึ่งควบคุมการดำเนินงานทางเภสัชกรรมภายใต้การควบคุมจากรัฐอย่างเข้มงวด ต่อมาชาวยุโรปได้มีการรวบรวมเภสัชตำรับอย่างเป็นทางการครั้งแรก เริ่มจากในเมืองฟลอเรนซ์ ประเทศอิตาลี และมีการจัดตั้งองค์กรทางการค้าด้านเภสัชกรรมขึ้นในอังกฤษในปี ค.ศ. 1617 ในพระอุปถัมภ์ของพระเจ้าเจมส์ที่ 1

ในสมัยปฏิวัติอุตสาหกรรมทำให้การปรุงยาโดยเภสัชกรเปลี่ยนแปลงเป็นการผลิตยาจำนวนมากในระบบเภสัชอุตสาหกรรม เภสัชกรเปลี่ยนบทบาทจากผู้ปรุงยาเป็นควบคุมการผลิต ปรับปรุงสูตรยาและค้นพบแขนงยาใหม่ ๆ มีการจัดตั้งองค์กรทางเภสัชกรรมระหว่างประเทศขึ้น เริ่มจากความร่วมมือของสหรัฐอเมริกาและยุโรป และแพร่กระจายองค์ความรู้ด้านนี้ไปยังภูมิภาคต่าง ๆ ของโลก อาทิ เอเชียแปซิฟิค เอเชียตะวันออก และออสเตรเลีย

ในประเทศไทยมีการศึกษาเภสัชกรรมในแบบตะวันตกในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว มีการจัดตั้งโรงเรียนแพทย์ปรุงยา (ปัจจุบันคือคณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย)ขึ้น โดยสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้ารังสิตประยูรศักดิ์ กรมพระยาชัยนาทนเรนทร พระองค์จึงได้รับการยกย่องให้เป็นบิดาแห่งวิชาชีพเภสัชกรรมไทย ภายหลังการจัดตั้งกองโอสถศาลา ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว มีการจัดตั้งเภสัชกรรมสมาคมแห่งกรุงสยาม และการจัดตั้งองค์การเภสัชกรรมขึ้นโดยเภสัชกร ดร. ตั้ว ลพานุกรม แม้กระนั้น ความรู้ทางเภสัชกรรมไม่ได้เป็นที่สนใจของประชาชนนัก จนกระทั่งเหตุการณ์สงครามโลกครั้งที่สอง การผลิตยาภายในประเทศไม่เพียงพอ จึงทำให้ศาสตร์นี้เริ่มเป็นที่รู้จักของประชาชนมากขึ้น และมีการจัดตั้งสถานศึกษาทางเภสัชศาสตร์เพิ่มเติมในเวลาต่อมา