สาขาวิชาชีพของเภสัชกรได้จำแนกออกตามสถานที่ปฏิบัติการของเภสัชกร อันได้แก่ ร้านยา โรงพยาบาล คลินิก อุตสาหกรรม และเภสัชกรนักการตลาด เภสัชกรในแต่ละสถานที่ปฏิบัติการจะมีความชำนาญแตกต่างกัน แต่ทุกสาขาจะมีความรู้พื้นฐานทางโลหิตวิทยา เนื้องอกวิทยา โรค ท่าทางที่เหมาะสม สารอาหารเสริม เภสัชสารสนเทศ กุมารเวชศาสตร์ เป็นต้น

เภสัชกรรมชุมชน

สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชนหรือร้านยา คือสถานที่ปฏิบัติการส่วนใหญ่ของเภสัชกรทางด้านเภสัชกรรม ซึ่งส่วนใหญ่ประกอบด้วยคลังยาและการกระจายยา การจ่ายยาของเภสัชกรต้องอ้างอิงถึงใบสั่งแพทย์และการซักถามประวัติผู้ป่วยในเรื่องการใช้ยาเพื่อจ่ายยาได้อย่างถูกต้องเหมาะสมแก่ผู้ป่วย เภสัชกรทุกคนต้องอยู่ปฏิบัติการ ณ สถานที่ปฏิบัติการที่ตนสังกัดตลอดเวลาที่ให้บริการแก่ผู้ป่วย ทั้งนี้ครอบคลุมถึงแผนกเภสัชกรรมในห้างร้านต่าง ๆ ด้วย นอกจากสถานที่ปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชนจะจ่ายยาแล้ว บางสถานยังเพิ่มสินค้าทางด้านเวชสำอางค์และเวชภัณฑ์อื่น ๆ ตามความเหมาะสม

เภสัชกรรมโรงพยาบาล

เภสัชกรที่ปฏิบัติงานในโรงพยาบาลมีความแตกต่างกับสถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน โดยมีหน้าที่ทางการจัดการด้านคลินิกการแพทย์ เนื่องจากภายในโรงพยาบาลมีงานที่ซับซ้อนกว่า อาทิ เภสัชวินิจฉัย รูปแบบการใช้ยาที่ปลอดภัยเนื่องด้วยยาที่ใช้ในโรงพยาบาลมีความซับซ้อนและมีปฏิกิริยาที่ต้องอยู่ในความควบคุมของเภสัชกร ดังนั้นในโรงพยาบาล เภสัชกรจึงมีความชำนาญเฉพาะด้าน อาทิ โลหิตวิทยา เนื้องอกวิทยา เอดส์ โรคเรื้อรัง บริบาลเภสัชกรรม การแพทย์ฉุกเฉิน พิษวิทยา เป็นต้น

เภสัชกรรมคลินิก

งานเภสัชกรรมคลินิกเป็นอีกหนึ่งในบทบาทของเภสัชกร ที่มีหน้าที่โดยตรง ในดูแลผู้ป่วยด้านการใช้ยา เภสัชกรที่ปฏิบัติการในสาขานี้จะปฏิบัติทั้งในโรงพยาบาล ร้านขายยา และคลินิกทางเวชกรรมทั่วไป ซึ่งจะต้องทำงานร่วมกับแพทย์และบุคลาการทางสาธารณสุขอื่น ๆ เพื่อให้เกิดผลลัพธ์ในการใช้ยาที่ดีขึ้น งานที่ถือว่าเป็นงานเภสัชกรรมคลินิก ได้แก่ การคัดเลือกยาที่ถูกต้องเหมาะสม การติดตามอาการไม่พึงประสงค์จากการใช้ยา การติดตามการใช้ยาของผู้ป่วย การให้คำปรึกษาด้านยาแก่ผู้ป่วย และการจัดการการใช้ยาอันตรายสูง จะต้องมีการควบคุมอย่างใกล้ชิดจากเภสัชกร

เภสัชอุตสาหกรรม

เภสัชกรที่ปฏิบัติหน้าที่ทางด้านอุตสาหกรรมคือการผลิตยาให้เป็นไปตามมาตรฐานคุณภาพและการวิจัยคิดค้นยาขนานใหม่ ๆ การผลิตยาเพื่อให้ได้รูปแบบที่ใช้ง่ายและเหมาะสมกับช่องทางการรับยาของผู้ป่วย