ในปี 2004 ภารกิจขององค์กรลับอัมเบรลล่า (Umbrella Corperation) ในเมืองแร็คคูนกลายมาเป็นเรื่องใหญ่ของส่วนรวม ต่อมาด้วยการสืบสวนสอบสวนที่ดำเนินการโดยรัฐบาลสหรัฐอเมริกา ทำให้เจ้าหน้าที่ในอัมเบรลล่าได้มาเกี่ยวพันและติดตามงานของรัฐบาลด้วย รัฐบาลจึงต้องระงับธุรกิจของอัมเบรลล่า และเป็นเหตุที่ทำให้องค์กรนี้ล้มละลาย

ลีออน สก็อตต์ เคนเนดี้ได้รับเลือกจากรัฐบาลหลังจากสิ่งของเขาทำไว้ในเมืองแร็คคูน ลีออนถูกส่งตัวออกไปเพื่อหาทางและช่วยชีวิตลูกสาวประธานาธิบดีชื่อ แอชลี่ย์ แกรแฮม ที่ถูกลัทธิประหลาดลักพาตัวไป ลีออนได้เดินทางไปตามหมู่บ้านชนบทแห่งหนึ่งในยุโรป(อาจเป็นไปได้ว่าจะเป็นในสเปนสันนิษฐานจากภาษาบนเสื้อตำรวจและภาษาตามเนื้อเรื่อง)ที่เขาต้องเผชิญหน้ากับฝูงชาวบ้านเกเรที่ได้ปฏิญาณชีวิตตนไว้กับลัทธิลอสอิลลูมินาดอส (Los Illuminados) ที่ลักพาตัวแอชลี่ย์ไป

ในระหว่างทางของการปฏิบัติหน้าที่ของลีออน ลีออนได้พบกับเอด้า วอง ผู้หญิงที่เขาเคยเจอในเรซิเดนต์อีวิล 2 และแจ็ค คราวเซอร์ สหายเก่าของลีออนในสมัยที่ฝึกงานรัฐบาลด้วยกันและคิดว่าเขาตายไปแล้ว เขายังได้พบกับลูอิส เซร่า อดีตนักวิจัยของลัทธิประหลาด เขาเป็นคนคอยช่วยเหลือลีออนก่อนที่เขาจะถูกสังหารโดยออสมันด์ แซดเลอร์ (Osmund Saddler) หัวหน้าลัทธิลอสอิลลูมินาดอส จากกระดาษโน้ตของลูอิสที่ ลีออนค้นพบว่าลัทธิลอสอิลลูมินาดอสได้มีเพิ่มประชากรเข้าลัทธิตนโดยการเพาะเชื้อปรสิตที่คอยควบคุมจิตใจที่รู้กันในชื่อ ลาส พลากัส (Las Plagas) เข้าไปในร่างกาย

หลังจากแซดเลอร์รู้ว่าลีออนได้ช่วยชีวิตแอชลี่ย์ไว้ได้ เขาได้สั่งให้ประชากรหาวิธีเพื่อจะพาเธอกลับคืนมา ในระหว่างนั้น หลังจากการเอาชนะบิโตเรส เมนเดส (Bitores Mendez) หัวหน้าประจำหมู่บ้านได้ ลีออนและแอชลี่ย์จึงไปหลบภัยในปราสาทแห่งหนึ่ง ที่ซึ่งมีรามอน ซาลัสซาร์ (Ramon Salazar) แอชลี่ย์เริ่มไอเป็นเลือดซึ่งเป็นสัญญาณให้รู้ว่าเธอได้ติดเชื้อแล้วและวิ่งไปยังห้อง ๆ หนึ่งซึ่งมีกับดักมากมาย ลีออนจึงฟันฝ่าหาทางผ่านทางคดเคี้ยวและเหล่าสมุนของซาลัสซาร์เพื่อหาตัวซาลัสซาร์ให้พบและได้รู้ว่าแอชลี่ย์ได้ถูกพาตัวไปยังเกาะโรงงานวิจัยแห่งหนึ่งแล้ว หลังจากเหตุพิพาทในเรื่องอำนาจความรุนแรงของแซดเลอร์มากมาย รวมถึงแจ็ค คราวเซอร์ ลีออนสามารถช่วยชีวิตแอชลี่ย์ได้อีกครั้งและเอาชนะแซดเลอร์ได้ด้วยความช่วยเหลือจากเอด้า ลีออนได้ค้นพบขวดเล็ก ๆ ซึ่งใส่ตัวอย่างเชื้อลาสพลากัสไว้จากศพของแซดเลอร์ แต่เอด้าได้เอาปืนขู่ให้ลีออนส่งมันให้เธอ แล้วเธอก็หนีออกจากเรื่องวุ่นวายโดยเฮลิคอปเตอร์ ปล่อยให้ลีออนกับแอชลี่ย์ต้องใช้เจ็ตสกีหนีออกจากเกาะนั้นอย่างปลอดภัย ด้วยเนื้อเรื่องที่เป็นตัวอย่างของภาคนี้ยังให้ผู้เล่นได้กำจัดศัตรูกว่า 900 ตัว