พลตำรวจโทอชิรวิทย์ สุพรรณเภสัช อ้างว่า ระเบิดทั้งหมดแปดลูกถูกวางไว้ในกล่องขนาด 3×5 นิ้ว และจุดระเบิดโดยนาฬิกาปลุกดิจิตอล ในระเบิดทุกลูกยังพบร่องรอยของสารประกอบระเบิดแรงสูงเอ็ม 4[20] แหล่งข่าวสรรพาวุธทหารอื่นอ้างว่าระเบิดดังกล่าว คือ ระเบิดน้ำมันเชื้อเพลิงแอมโมเนียมไนเตรด/ระเบิดเอ็ม 4[21] ซึ่งเป็นระเบิดประเภทเดียวกับที่พบในรถนอกที่พักของ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร เมื่อเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2549

ตำรวจได้รับการวิพากษ์วิจารณ์จากการห้ามมิให้รักษาการผู้อำนวยการสถาบันนิติวิทยาศาสตร์ แพทย์หญิง คุณหญิงพรทิพย์ โรจนสุนันท์ จากการเก็บรวบรวมหลักฐานจากจุดเกิดระเบิดที่ปากน้ำ เธอได้เรียกตำรวจว่าไม่เป็นมืออาชีพ เพราะมุ่งเน้นให้ความสนใจไปยังชนิดของระเบิดที่ใช้ มากกว่าการระบุเอกลักษณ์ของมือระเบิด และอนุญาตให้คนเก็บขยะทำความสะอาดจุดเกิดเหตุก่อนที่การเก็บรวบรวมหลักฐานจะเสร็จสิ้น[22]

นายกรัฐมนตรี พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ ชี้ถึงการมีส่วนเกี่ยวข้องของกลุ่มแบ่งแยกดินแดนทางภาคใต้ โดยให้ความเห็นว่า จากรายงานทางนิติวิทยาศาสตร์ ตัวระเบิดได้รับการประกอบให้ดูเหมือนกับที่ใช้กันอยู่โดยกลุ่มแบ่งแยกดินแดนภาคใต้ แต่การสืบสวนในรายละเอียดของเหตุระเบิดและวิธีการทำงานของระเบิดไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกันเลย[9]