หากไม่ได้รับการรักษาแล้วผู้ป่วยจะมี median survival time หลังติดเชื้อเอชไอวีจะอยู่ที่ประมาณ 9-11 ปี ขึ้นอยู่กับชนิดของเชื้อเอชไอวีที่ได้รับ[62] และ median survival rate หลังจากได้รับการวินิจฉัยโรคเอดส์ในพื้นที่ที่ไม่มียารักษาอยู่ระหว่าง 6-19 เดือน ตามแต่ละการศึกษาวิจัย[63] ในพื้นที่ที่มายารักษาเข้าถึงได้ทั่วไปนั้นการใช้ยาต้านไวรัสแบบ HAART เป็นการรักษาการติดเชื้อเอชไอวีและเอดส์ที่ได้ผลและลดอัตราการตายจากโรคลงได้ 80% เพิ่มอายุขัยของผู้ติดเชื้อเอชไอวีได้เป็นประมาณ 20 ปี[64]

ในขณะที่ยังมีการวิจัยหาวิธีรักษาใหม่ๆ และเชื้อเอชไอวียังมีการพัฒนาตัวเองอยู่เรื่อยๆ ให้ดื้อยาต้าน ประมาณการอายุขัยของผู้ป่วยยังต้องมีการเปลี่ยนแปลงไปเรื่อยๆ หากไม่ได้รับการรักษาด้วยยาต้านไวรัสผู้ป่วยมักเสียชีวิตภายในหนึ่งปี [52] ผู้ป่วยส่วนใหญ่เสียชีวิตจากการติดเชื้อฉวยโอกาสหรือมะเร็งที่พบร่วมกับการสูญเสียการทำงานของระบบภูมิคุ้มกัน[65] อัตราการดำเนินโรคนั้นแตกต่างกันไปในผู้ป่วยแต่ละคนและมีปัจจัยเกี่ยวข้องหลายอย่างตั้งแต่พื้นฐาน susceptibility และการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วย[66][67][68] การดูแลสุขภาพ และการติดเชื้อร่วม[52][65] รวมถึงว่าชนิดของไวรัสที่ได้รับ[69][70][71]

แม้จะได้รับการรักษาด้วยยาต้านไวรัสก็ตาม ผู้ติดเชื้อเอชไอวีอาจมีอาการทางระบบประสาท ภาวะกระดูกพรุน neuropathy มะเร็ง โรคไต และโรคระบบหัวใจและหลอดเลือด ยังไม่มีการยืนยันชัดเจนว่าภาวะเหล่านี้เกิดมาจากการติดเชื้อ เกิดจากภาวะแทรกซ้อน หรือเป็นผลข้างเคียงของการรักษา[72][73][74][75][76][77][59][78]

สาเหตุของภาวะป่วยจากการติดเชื้อเอดส์ที่พบมากที่สุดทั่วโลกคือการติดเชื้อวัณโรค ในแอฟริกานั้น HIV เป็นปัจจัยสำคัญที่สุดเพียงอย่างเดียวที่ทำให้อุบัติการณ์ผู้ป่วยวัณโรคเพิ่มสูงขึ้นตั้งแต่ ค.ศ. 1990[79] ประเทศที่มีผู้ป่วยมากที่สุดจะมีอายุขัยประชากรลดลงอย่างมาก เช่น ข้อมูลปี ค.ศ. 2006 ประมาณว่าอายุขัยประชากรในบอตสวานาลดลงจาก 65 ปี เหลือเพียง 35 ปี เป็นต้น[80]