เอลิซาเบธทรงอภิเษกสมรสกับพระเจ้าหลุยส์ซึ่งมีพระราชพิธีเฉลิมฉลองในบูดอ วันที่ 20 มิถุนายน ค.ศ. 1353[9] ทั้งสองพระองค์ทรงความสัมพันธ์ในระดับที่ต้องห้ามสำหรับเครือญาติ ดยุกเครซิเมียร์ที่ 1 แห่งคูยาเวีย มีศักดิ์เป็นพระบิดาของพระปัยกาฝ่ายพระมารดาของเอลิซาเบธ และมีศักดิ์เป็นพระปัยกาของพระเจ้าหลุยส์ กฎหมายการงดเว้นของพระสันตะปาปาจึงเป็นสิ่งจำเป็น แต่มันเป็นเพียงความพยายามที่เกิดขึ้นในสี่เดือนหลังจากการอภิเษกสมรสผ่านพ้นไปแล้ว อีวาน เบอเตนยี นักประวัติศาสตร์ เสนอว่า พระราชพิธีอาจจะถูกเร่งรัดจากการตั้งครรภ์ที่ไม่ได้ตั้งใจ ซึ่งทั้งสองพระองค์ได้ติดต่อพบปะกันมาเป็นเวลานานหลายปี ถ้าเป็นเช่นนั้นการที่ทรงพระครรภ์ครั้งนี้มีแนวโน้มที่จะสิ้นสุดลงโดยทารกตายคลอด[10] พระมารดาของพระราชินีเอลิซาเบธสิ้นพระชนม์ไปแล้วในช่วงที่พระนางอภิเษกสมรส[11] พระเจ้าหลุยส์ทรงตกพระทัยเมื่อพระสัสสุระของพระองค์สิ้นพระชนม์ในปีเดียวกัน ทวตโก คอโตรมานิค พระญาติหนุ่มผู้ทะเยอทะยานของพระนางเอลิซาเบธขึ้นสืบบัลลังก์บานแห่งบอสเนีย[12] ในปี ค.ศ. 1357 พระเจ้าหลุยส์ทรงเรียกตัวองค์บานหนุ่มมายังพอเซกา ทรงบังคับให้พระองค์ยอมจำนนและมอบซัคลูเมียตะวันตกในฐานะสินสมรสของพระนางเอลิซาเบธ[2][13]

พระราชินีพระองค์ใหม่แห่งฮังการีและโครเอเชียทรงอยู่ภายใต้การควบคุมของ พระพันปีหลวงเอลิซาเบธแห่งโปแลนด์ พระราชชนนี ผู้เป็นพระสัสสุ เป็นความจริงที่ว่าข้าราชบริพารของพระราชินีนั้นเป็นข้าราชบริพารกลุ่มเดียวกันกับที่ถวายการรับใช้พระราชชนนี ซึ่งชี้ให้เห็นว่าพระราชินีเอลิซาเบธแห่งบอสเนียไม่ได้ทรงมีราชสำนักเป็นของพระนางเอง อิทธิพลของพระสัสสุทรงมีเด่นชัดจนกระทั่ง ค.ศ. 1370 เมื่อพระจเหลุยส์ทรงสืบราชบัลลังก์โปแลนด์ต่อจากพระเจ้าเครซิเมียร์ที่ 3 แห่งโปแลนด์ พระมาตุลา ดังนั้นพระองค์จึงมีฐานะเป็นพระมหากษัตริย์โปแลนด์[5] พระมาตุลาของสมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธคือ วลาดิสเลาสเดอะไวท์ ก็เป็นหนึ่งในผู้มีสิทธิในการเลือกตั้งราชบัลลังก์โปแลนด์[14] หลังจากพระเจ้าหลุยส์ทรงประกอบพระราชพิธีราชาภิเษกในโปแลนด์ พระเจ้าหลุยส์ทรงนำพระราชธิดาของพระเจ้าเครซิเมียร์ที่ 3 ซึ่งยังทรงพระเยาว์ คือ เจ้าหญิงแอนน์และเจ้าหญิงเฮกวิก ให้มาอยู่ภายใต้การอบรมอภิบาลโดยสมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธ แม้ว่าพระนางเอลิซาเบธจะเป็นสมเด็จพระราชินีแห่งโปแลนด์[15] แต่พระนางก็ไม่ทรงเคยสวมมงกุฎ[16]

ปัญหาการสืบราชบัลลังก์เป็นปัญหาตลอดรัชกาลของพระเจ้าหลุยส์ สมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธทรงถูกพิจารณาว่าเป็นหมันมาเป็นเวลานาน และมีการคาดว่าวิกฤคการสืบราชบัลลังก์จะเกิดขึ้นเมื่อพระเจ้าหลุยส์สวรรคตโดยปราศจากรัชทายาท เจ้าชายสตีเฟน พระอนุชาในพระสวามีของพระนางเป็นทายาทโดยสันนิษฐานจนกระทั่งสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1354 จอห์น ดยุกแห่งสลาโวเนีย พระโอรสของเจ้าชายสตีเฟนเป็นทายาทสืบต่อ อย่างไรก็ตามดยุกจอห์นสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1360[17] ในที่สุดพระมหากษัตริย์และสมเด็จพระราชินีทรงมีพระราชธิดาในปี ค.ศ. 1365 แต่พระราชธิดาสิ้นพระชนม์ในปีถัดมา[18] ในเวลาไม่กี่ปีถัดมา เอลิซาเบธแห่งสลาโวเนีย พระขนิษฐาของดยุกจอห์นที่สิ้นพระชนม์ ได้รับการปฏิบัติในฐานะทายาทโดยสมมติและมีการเจรจาถึงคู่เสกสมรสที่เหมาะสม แต่ทันใดก็เกิดเรื่องน่าประหลาดใจเมื่อสมเด็จพระราชินีทรงมีพระประสูติกาลพระราชธิดาในเวลาไล่เลี่ยกันถึง 3 พระองค์ เจ้าหญิงแคทเทอรีนประสูติในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1370 เจ้าหญิงแมรีประสูติในปี ค.ศ. 1371 และเจ้าหญิงเจดวิกาประสูติในปี ค.ศ. 1373 หรือ 1374[17] สมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธเป็นที่รู้จักจากการที่ทรงพระนิพนธ์หนังสือเพื่อการศึกษาสำหรับพระราชธิดา ฉบับสำเนาได้ส่งไปยังฝรั่งเศสในปี ค.ศ. 1374 แต่ปัจจุบันสำเนาทุกฉบับสูญหายไปหมดสิ้น[19][20]

ในวันที่ 17 กันยายน ค.ศ. 1374 พระเจ้าหลุยส์ทรงพระราชทานสิทธิประโยชน์ต่างๆแก่ขุนนางโปแลนด์โดยผ่านเอกสิทธิ์คอชชิเซ เพื่อเป็นการแลกเปลี่ยนสำหรับสัญญาให้พระราชธิดาสืบราชบัลลังก์ต่อจากพระองค์ โดยพระองค์ สมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธ หรือพระราชชนนีจะเป็นผู้กำหนดองค์ใดองค์หนึ่ง[21] ในฮังการี พระองค์ทรงมุ่งเน้นไปที่การรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลางจะเป็นการสร้างความมั่นพระทัยว่าสิทธิของพระราชธิดาจะได้รับการเคารพ[22] ความพยายามเสกสมรสกับเจ้าหญิงองค์ใดองค์หนึ่งๆถือเป็นสิ่งที่มีความสำคัญลำดับแรกในราชสำนักยุโรป[17] เจ้าหญิงแมรีทรงมีพระชนมายุไม่ถึงหนึ่งพรรษาก็มีสัญญาการเสกสมรสกับเจ้าชายซีกิสมุนด์แห่งลักเซมเบิร์ก[23] ในปี ค.ศ. 1374 เจ้าหญิงแคทเทอรีนทรงถูกหมั้นหมายกับเจ้าชายหลุยส์แห่งฝรั่งเศส[17] แต่เจ้าหญิงสิ้นพระชนม์เสียก่อนในปลายปี ค.ศ. 1378 ในปีเดียวกัน เจ้าหญิงเจดวิกาทรงหมั้นหมายกับวิลเลี่ยมแห่งออสเตรียในกฎสปอนซาเลียเดอฟูตูโร (Sponsalia de futuro;การแต่งงานในอนาคต) เจ้าหญิงต้องออกจากราชสำนักของพระราชมารดาและย้ายไปประทับที่เวียนนา ซึ่งเจ้าหญิงประทับอยู่ที่นั่นเป็นเวลาสองปี[24] เหล่าขุนนางโปแลนด์ได้สาบานว่าจะสนับสนุนสิทธิของเจ้าหญิงแมรีในปี ค.ศ. 1379 ในขณะที่เจ้าชายซีกิสมุนด์ได้รับการยอมรับในสามปีถัดมา สมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธปรากฏพระองค์ พร้อมพระสวามีและพระสัสสุ ในการประชุมขุนนางที่ซอลโยมในวันที่ 12 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1380 ที่ซึ่งขุนนางฮังการียอมรับการจับคู่สมรสกับออสเตรียของเจ้าหญิงเจดวิกา ซึ่งแสดงว่าพระเจ้าหลุยส์ทรงตั้งพระทัยที่จะมอบราชบัลลังก์ฮังการีให้แก่เจ้าหญิงเจดวิกาและวิลเลียม[25]

เนื่องจากพระเจ้าหลุยส์ทรงพระประชวร ทำให้ช่วงปลายรัชกาลทรงมีความกระตือรือร้นน้อยลง ทรงอุทิศเวลาไปกับการสวดมนต์หลายครั้ง เช่นเดียวกับพระราชชนนีซึ่งทรงพระชราและเพิ่งเสด็จกลับมาจากโปแลนด์ในปี ค.ศ. 1374 สถานการณ์เหล่านี้ทำให้สมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธทรงมีโอกาสและทรงแสดงบทบาทที่โดดเด่นในราชสำนัก อิทธิพลของพระนางเติบโตขึ้นอย่างต่อเนื่องนับตั้งแต่ทรงมีทายาทให้พระสวามี ดูเหมือนจะเป็นไปได้ที่ราชบัลลังก์จะถูกส่งผ่านไปยังหนึ่งในพระราชธิดาของพระนางเอลิซาเบธผู้ทรงพระเยาว์และในปี ค.ศ. 1374 สิทธิของพระราชธิดาได้รับการยืนยัน[26] ในเบื้องหลัง สมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธทรงมั่นพระทัยว่าการสืบราชบัลลังก์จะเป็นไปอย่างราบรื่นที่สุดเท่าที่ทำได้โดยทรงให้การสนับสนุนอย่างช้าๆ แต่จะเป็นสิ่งเปลี่ยนแปลงได้อย่างแน่นอนในบุคลากรของคณะรัฐบาลขุนนาง เหล่าบารอนที่นิยมสงครามและไม่รู้หนังสือค่อยๆถูกแทนที่ด้วยขุนนางกลุ่มเล็กๆซึ่งมีความเหนือกว่าในด้านทักษะ แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จในเรื่องชาติกำเนิดและความสามารถทางการทหาร พาลาทีน นิโคลัสที่ 1 การาย เป็นผู้นำการเคลื่อนไหวและสนับสนุนสมเด็จพระราชินีอย่างเต็มที่ และทำให้อำนาจของกลุ่มของเขากลายเป็นอำนาจที่ไร้ขอบเขตอย่างแท้จริง[26]