เฮนรี ทิวดอร์โจมตีกองทัพของพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 และปราบพระองค์ที่สมรภูมิบอสเวิร์ธ จากนั้นได้ยึดบัลลังก์แห่งอังกฤษตั้งตนเป็นพระเจ้าเฮนรีที่ 7 พระองค์ได้ลบล้างมลทินและประกาศให้ลูก ๆ ของเลดีวูดวิลล์เป็นพระโอรสธิดาที่เกิดจากการสมรสอย่างถูกต้องของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 กับเลดีเอลิซาเบธ วูดวิลล์

การสมรสของพระองค์กับเอลิซาเบธแห่งยอร์ก ทายาทแห่งราชวงศ์ยอร์กถูกเลื่อนออกไปหลายเดือนเพื่อให้พิธีราชาภิเษกของพระองค์เรียบร้อยเสียก่อน สุดท้ายทั้งคู่ก็สมรสกันในเดือนมกราคม ค.ศ. 1486 การสมรสได้รวมราชวงศ์แลงคาสเตอร์ที่มีตัวแทนคือพระเจ้าเฮนรีที่ 7 (ซึ่งอ้างสิทธิ์ในบัลลังก์อังกฤษจากการพิชิต ไม่ใช่จากชาติกำเนิด) กับราชวงศ์ยอร์กที่มีตัวแทนคือเอลิซาเบธเข้าด้วยกัน สัญลักษณ์ของกษัตริย์แลงคาสเตอร์ที่สมรสกับพระราชินียอร์กได้รวมกุหลาบแดงแห่งแลงคาสเตอร์กับกุหลาบขาวแห่งยอร์กเข้าด้วยกัน ถือเป็นการจบสิ้นสงครามดอกกุหลาบ พระเจ้าเฮนรีได้นำเอากุหลาบทิวดอร์ที่มีทั้งสีแดงและสีขาวมาใช้เป็นสัญลักษณ์ประจำพระองค์

แหล่งข้อมูลบางฉบับกล่าวว่าพระเจ้าเฮนรีที่ 7 ไม่ได้มีใจรักเอลิซาเบธ พระองค์นับถือพระนางที่เป็นคนอ่อนโยน, มีจิตใจเอื้อเฟื้อ และเป็นบุคคลแสนวิเศษผู้เป็นที่นิยมในหมู่ประชาชน เอลิซาเบธวางตัวอยู่ห่างจากการเมืองแต่ก็ให้การสนับสนุนพระสวามีอยู่เบื้องหลัง แม้ว่าผู้ภักดีต่อราชวงศ์ยอร์กส่วนหนึ่งจะยังคงมองว่าพระนางคือทายาทโดยชอบธรรมในบัลลังก์ก็ตาม เอลิซาเบธใช้เวลามากมายไปกับการเดินทาง บางครั้งก็มีพระสวามีร่วมเดินทางด้วย แต่โดยส่วนมากพระองค์มักเดินทางเพียงลำพังไปในดินแดนซึ่งอยู่ห่างไกลของราชอาณาจักร หลังสมรสไม่นานพระองค์ได้ตั้งครรภ์และในเดือนกันยายน ค.ศ. 1486 พระองค์ได้ให้กำเนิดพระโอรสชื่ออาร์เธอร์ที่ต่อมาได้รับการสวมมงกุฎเป็นเจ้าชายแห่งเวลส์

วันที่ 25 พฤศจิกายน ค.ศ. 1487 เอลิซาเบธได้รับการสวมมงกุฎเป็นพระราชินีแห่งอังกฤษ การสมรสของพระองค์กับพระเจ้าเฮนรีที่ 7 เป็นจุดเริ่มต้นในราชบัลลังก์บริเตนของราชวงศ์ทิวดอร์