เอลิซาเบธแห่งยอร์ก หรือ เอลิซาเบธ แพลนทาเจเนต เสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1466 ที่พระราชวังเวสต์มินสเตอร์ในกรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ พระองค์เป็นพระโอรสธิดาคนโตในบรรดาพระโอรสธิดาแปดคนของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 แห่งอังกฤษกับเอลิซาเบธ วูดวิลล์ พระมเหสี การสมรสของพระบิดามารดาของพระองค์ได้สร้างปัญหาใหญ่ที่ทำให้พระบิดาของพระองค์ถูกปลดออกจากตำแหน่งเป็นระยะสั้นๆ ในปี ค.ศ. 1470 ในปี ค.ศ. 1471 ผู้แย่งชิงบัลลังก์กับพระบิดาของพระองค์ถูกปราบและสังหาร ชีวิตช่วงแรกของเอลิซาเบธค่อนข้างสงบแม้ว่าความขัดแย้งและสงครามจะดำเนินอยู่รอบตัวพระองค์

ในปี ค.ศ. 1469 ได้มีการตกลงกันว่าจะให้เอลิซาเบธวัย 3 พรรษาหมั้นหมายกับจอร์จ เนวิลล์ แต่การหมั้นหมายถูกเลื่อนออกไปจนกระทั่งจอร์จเสียชีวิต เนื่องจากจอห์น เนวีล บิดาของจอร์จได้ประกาศตนเป็นศัตรูกับพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดในช่วงที่มีการก่อจราจล ซึ่งเป็นยุคแห่งความวุ่นวายและสงครามกลางเมืองระหว่างราชวงศ์ยอร์กและราชวงศ์แลงคาสเตอร์ สงครามแย่งชิงบัลลังก์อังกฤษที่เกิดขึ้นนี้ถูกเรียกว่า "สงครามดอกกุหลาบ" เดือนกันยายน ค.ศ. 1470 พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ต้องหนีเมื่อเอิร์ลแห่งวอริคและมาร์เกอรีตแห่งอ็องฌูจากฝั่งแลงคาสเตอร์คุกคามชีวิตของพระองค์ เอลิซาเบธ วูดวิลล์หลบภัยอยู่ในวิหารเวสต์มินสเตอร์เพื่อคุ้มกันความปลอดภัยให้ลูก ๆ

เอลิซาเบธน่าจะได้รับการศึกษาอย่างเป็นทางการในพระราชวังตอนพระชนมายุ 5-6 พรรษา ทรงศึกษาประวัติศาสตร์และการเล่นแร่แปรธาตุจากพระบิดาและห้องสมุดของพระบิดา พระองค์กับพี่น้องหญิงเรียนรู้ทักษะที่พระราชินีในอนาคตควรมีจากนางกำลังและจากการดูเอลิซาเบธ วูดวิลล์เป็นตัวอย่าง หนึ่งในทักษะเหล่านั้นคือการอ่านเขียนภาษาอังกฤษ, คณิตศาสตร์ และการบริหารครัวเรือน รวมถึงการเย็บปักถักร้อย, การขี่ม้า, ดนตรี และการเต้นรำ พระองค์พูดภาษาฝรั่งเศสได้แต่ไม่ค่อยคล่อง ทรงเป็นเด็กสาวผู้อ่อนโยนและเป็นที่รักของพระบิดามารดาและพี่น้อง และศรัทธาในพระเจ้าอย่างที่สุด

ปี ค.ศ. 1475 กษัตริย์แห่งฝรั่งเศสได้หมายตาบัลลังก์อังกฤษ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดจึงบุกฝรั่งเศสเป็นการตอบโต้ พระเจ้าหลุยส์ที่ 12 แห่งฝรั่งเศสตัดสินใจทำสนธิสัญญาสันติภาพโดยมีเงื่อนไขว่าพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดจะต้องยกพระธิดาให้ดูแฟ็งชาร์ลส์ เจ้าชายแห่งฝรั่งเศส เอลิซาเบธวัย 11 พรรษาถูกจับหมั้นหมายกับดูแฟ็งชาร์ลส์ พระโอรสวัย 5 พรรษาของพระเจ้าหลุยส์ที่ 11 ในวันที่ 29 สิงหาคม ค.ศ. 1475 ตามเงื่อนไขในสนธิสัญญาปิกคีนญี ทว่าในปี ค.ศ. 1482 การหมั้นหมายเป็นอันยุติเมื่อกษัตริย์ฝรั่งเศสไม่เคารพข้อตกลงและทำผิดสัญญา