แม้ว่าจะเป็นการแข่งขันฟุตบอลรายการใหญ่ระดับทวีป แต่การแข่งขันเอเชียนคัพก็ต้องประสบกับปัญหาหลายครั้ง ทั้งการไม่สามารถโน้มน้าวให้หลายชาติเข้าร่วมการแข่งขันได้ ปัญหาความขัดแย้งทางการเมือง ค่าใช้จ่ายการเดินทางของชาติที่เข้าร่วมการแข่งขันที่มหาศาล ตลอดจนความปัญหาจากความหลากหลายทางวัฒนธรรมของชาติที่เข้าร่วมการแข่งขัน

ความขัดแย้งทางการเมือง

การแข่งขันเอเชียนคัพมักตกอยู่ท่ามกลางความขัดแย้งระหว่างชาติสมาชิกอยู่บ่อยครั้ง เช่น กรณีของอิสราเอลซึ่งเคยเป็นสมาชิกของสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย ภายหลังสงครามยมคิปปูร์ได้ทวีความขัดแย้งระหว่างอิสราเอลกับชาติสมาชิกในคาบสมุทรอาหรับ อิสราเอลถอนตัวออกจากสมาชิกสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชียในปี พ.ศ. 2517 และเข้าร่วมเป็นสมาชิกสมาพันธ์ฟุตบอลโอเชียเนีย (โอเอซี) ซึ่งภายหลังได้รับสิทธิ์เป็นสมาชิกของสหภาพสมาคมฟุตบอลยุโรป (ยูฟ่า) ในปี พ.ศ. 2533

กรณีคล้ายกันคือความขัดแย้งระหว่างซาอุดิอาระเบียกับอิหร่านภายหลังการเข้าปราบปรามกลุ่มผู้ชุมนุมประท้วงในกรุงเตหะรานในปี พ.ศ. 2559 ซึ่งทีมชาติอิหร่านปฏิเสธที่จะทำการแข่งขันกับทีมชาติซาอุดิอาระเบีย และขู่จะถอนตัวออกจากสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชียหากไม่ทำตามคำขอ ซึ่งได้ลุกลามเป็นความขัดแย้งในระดับนานาชาติ นอกจากนี้ยังมีกรณีของเกาหลีเหนือและเกาหลีใต้ในระหว่างการแข่งขันฟุตบอลโลก 2010 รอบคัดเลือกโซนเอเชียที่จะจัดขึ้นในกรุงเปียงยาง จนเป็นเหตุทำให้ต้องมีการเปลียนไปทำการแข่งขันที่เซี่ยงไฮ้แทน

ปัญหาจำนวนผู้เข้าชมการแข่งขัน

จำนวนผู้เข้าชมการแข่งขันแป็นอีกปัญหาของการแข่งขันเอเชียนคัพ เช่น ในการแข่งขันเอเชียนคัพ 2011 (พ.ศ. 2554) ที่ประเทศกาตาร์ เนื่องจากค่าใช้จ่ายในการเดินทางไปชมการแข่งขันที่ค่อนข้างสูง ทำให้มีผู้เข้าชมการแข่งขันในสนามมีไม่กี่คนเท่านั้น นอกจากนี้ยังมีการอ้างว่าทางกาตาร์เองถึงกับต้องนำกำลังทหารมานั่งแทนผู้ชมในสนามเพื่อภาพลักษณ์ที่ดูดีอีกด้วย