บาเนกาถูกเลือกไปเล่นให้กับทีมชาติอาร์เจนตินารุ่นอายุไม่เกิน 23 ปีร่วมกับเซร์ฆิโอ อาเกวโรในการแข่งขันฟุตบอลโลกเยาวชนอายุไม่เกิน 20 ปี 2007 ที่ประเทศแคนาดาและได้ลงเล่นในการแข่งขันทุกนัด จนกระทั่งสามารถชนะเลิศในรายการนี้ได้

จากนั้นในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2008 เขาลงเล่นให้ทีมชาติชุดใหญ่ครั้งแรกในเกมกระชับมิตรที่ชนะกัวเตมาลา 5–0 และในปีเดียวกันเขาร่วมกับทีมชาติชุดโอลิมปิกแข่งขันในโอลิมปิกฤดูร้อนและสามารถชนะเลิศเหรียญทองมาได้[29]

บาเนกาเข้าร่วมการแข่งขันโกปาอาเมริกา 2015 โดยอยู่ในทีมในนัดแรกของทีมที่พบกับปารากวัย และเขาเป็นหนึ่งในสองผู้เล่นที่พลาดในการดวลลูกโทษในนัดชิงชนะเลิศที่แพ้ให้กับชิลี 1–4[30]

บาเนกามีรายชื่อในการแข่งขันฟุตบอลโลก 2018[31] เขาลงเล่นในฟุตบอลโลกเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 16 มิถุนายน เขาลงเล่นเป็นเวลา 36 นาทีในนัดที่เสมอกับไอซ์แลนด์ 1–1 โดยเปลี่ยนตัวลงไปแทนลูกัส บิเกลีย[32]