โรคฝีดาษลิงที่พบในมนุษย์และสัตว์เกิดจากการติดเชื้อไวรัสฝีดาษลิง ซึ่งเป็นไวรัสที่มีสารพันธุกรรมเป็นดีเอ็นเอสายคู่ อยู่ในจีนัสออร์โธพ็อกซ์ไวรัส แฟมีลีพอกซ์ไวริดี[26] ไวรัสนี้ส่วนใหญ่แล้วจะพบได้ในป่าดิบชื้นในทวีปแอฟริกาตอนกลางและตะวันตก[26] โดยเชื้อนี้มีการแบ่งแยกเป็นพันธุ์สาขา (clade) ลุ่มแม่น้ำคองโก และพันธุ์สาขาแอฟริกาตะวันตก ซึ่งการกระจายของเชื้อและตำแหน่งทางภูมิศาสตร์มีความสอดคล้องกันพอดี[6]

แหล่งรังโรค

ปัจจุบันยังไม่พบสัตว์ที่เป็นแหล่งรังโรคตามธรรมชาติของโรคนี้ โดยลิงก็ไม่ใช่แหล่งรังโรคเช่นกัน แม้โรคนี้จะได้ชื่อว่าฝีดาษลิงก็ตาม โดยเชื่อกันว่าสัตว์ฟันแทะที่มีถิ่นที่อยู่ในแอฟริกาเป็นแหล่งรังโรคที่แท้จริง[16]