ในปีพ.ศ. 1327(ค.ศ. 784)สมเด็จพระจักรพรรดิคัมมุได้มีพระบรมราชโองการให้ย้ายเมืองหลวงจากนางาโอกาเกียวเมืองหลวงเก่าทางตอนใต้ของจังหวัดเกียวโตในปัจจุบัน มาสู่เฮอังเกียว ซึ่งใช้เวลาสร้างถึง 10 ปี เฮอังเกียวในปัจจุบันก็ยังมีรูปร่างคงสภาพอยู่เหมือนเดิม คือรูปทรงสี่เหลี่ยมพื้นผ้าแบบจีน เป็นแบบจำลองย่อส่วนจากนครฉางอานของราชวงศ์ถังตั้งอยู่ใจกลางตัวเมืองเกียวโตในปัจจุบัน กว้าง 4.5 กิโลเมตร และ ยาว 5.2 กิโลเมตร เมื่อถึงยุคกลาง ประชากรของเมืองเพิ่มมากขึ้น จึงมีการสร้างบ้านเรือนออกไปนอกพื้นที่เดิม จนในที่สุดก็กลายมาเป็นเมืองเกียวโตในปัจจุบันซึ่งมีอาณาเขตกว้างขวางมาก

ในยุคคามากูระและยุคเอโดะเฮอังเกียวหมดอำนาจลงเนื่องจากการปกครองได้เปลี่ยนจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ตามแบบประเทศจีนมาเป็นระบอบโชกุนซึ่งมีนักรบเป็นใหญ่ แต่เฮอังเกียวก็ยังมีฐานะเป็นเมืองหลวงของประเทศญี่ปุ่นและเป็นสถานที่ประทับของสมเด็จพระจักรพรรดิเรื่อยมา แต่ในบันทึกนั้น ไม่มีการบอกว่าเฮอังเกียวนั้นเป็นเมืองหลวงเลย จนมาถึงในสมัยยุคเมจิได้เกิดการเปลี่ยนแปลงการปกครองไปสู่แบบตะวันตกสมเด็จพระจักรพรรดิเมจิซึ่งเป็นสมเด็จพระจักรพรรดิในยุคนั้น จึงต้องทรงย้ายที่ประทับไปสู่เมืองหลวงใหม่โตเกียวแทน ซึ่งเป็นจุดสิ้นสุดของเฮอังเกียวในฐานะเมืองหลวง