ความขัดแย้งภายในแนวร่วมเกิดขึ้นสองครั้ง ครั้งแรกเกิดขึ้นก่อนข้อตกลงปารีสใน พ.ศ. 2534 และอีกครั้งเกิดขึ้นหลังการเลือกตั้ง พ.ศ. 2536 ความแตกแยกครั้งแรกเริ่มปรากฏต่อสาธารณชนในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2528 ระหว่างซอน ซาน กับสัก สุตสกัน ผู้นำทางการทหาร ต่อมาในวันที่ 2 มกราคม เดียน เดลและสัก สุตสกันได้ออกมาก่อตั้งคณะกรรมการเฉพาะกาลเพื่อการปลดปล่อย ซอน ซานได้ออกมาต่อต้านเดียน เดลและสัก สุตสกัน โดยกล่าวว่าการกระทำของทั้งคู่ผิดกฎหมายและเป็นการต่อต้านจิตวิญญาณของกลุ่มและยินดีต้อนรับกลับมาถ้ายุติพฤติกรรมแบ่งแยก ซอน ซานยังกล่าวว่าฝ่ายของเขาได้รับการสนับสนุนจากสหรัฐ อาเซียนและจีนซึ่งเป็นผู้สนับสนุนทางการเงินของกลุ่ม

อย่างไรก็ตาม ความขัดแย้งยังคงดำเนินต่อไปโดยไม่มีฝ่ายใดมีอำนาจเหนืออีกฝ่ายหนึ่ง ต่อมาฝ่ายไทยเห็นว่าความแตกแยกของผู้นำแนวร่วมฯทำให้ความสามารถในการต่อสู้กับรัฐบาลสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาลดลง ไทยจึงจัดตั้งคณะกรรมการทางทหารชั่วคราวขึ้นใน พ.ศ. 2529 เพื่อเข้ามาควบคุมกองทัพจนกว่าความขัดแย้งจะยุติลง ซึ่งการเข้ามาแทรกแซงของไทยในครั้งนี้ ทำให้ความขัดแย้งสงบลงได้