ชนิดและปริมาณพันธุ์ไม้ในพื้นที่ลุ่มแม่น้ำยมเปลี่ยนแปลงไปตามฤดูกาล คือ มีมากในฤดูหนาวและฤดูร้อน ลดลงในฤดูฝนซึ่งเป็นช่วงที่ระดับน้ำสูงและกระแสน้ำไหลแรงจนทำให้พืชใต้น้ำและบนผิวน้ำถูกพัดพากระจัดกระจายไป พืชใต้น้ำมีเพียงชนิดเดียวคือสาหร่ายหางกระรอกซึ่งเจริญเติบโตได้ดีที่สุดในฤดูร้อน เนื่องจากระดับน้ำไม่สูงมาก แสงแดดสามารถส่องถึงได้ นอกจากนี้ยังพบต้นกก พืชที่ทนทานต่อสภาพแวดล้อม โผล่พ้นน้ำกระจายอยู่ทั่วไป แม่น้ำยมมีพืชชายน้ำหลายชนิด เช่น หญ้าคา หญ้าแพรก พง และอ้อ

ในแม่น้ำยมมีปลาน้ำจืด 38 ชนิด ปริมาณปลามีมากที่สุดในช่วงฤดูฝนถึงต้นฤดูหนาว ปลาที่พบมาก ได้แก่ ปลาตะเพียน ปลาสร้อย ปลาซิว และปลารากกล้วย