ต้นกำเนิดของแม่น้ำแยงซีอยู่ใต้ธารน้ำแข็งทางทิศตะวันตกของภูเขาเก้อลาตานตง (ตัวอักษรจีน: 各拉丹东; พินอิน:Gèlādāndōng) แม่น้ำแยงซีไหลผ่านไปฝั่งตะวันออกของมณฑลชิงไห่ และไหลลงไปทางใต้สู่หุบเขาที่ลึกตามแนวเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างมณฑลเสฉวน กับ ทิเบต แล้วไหลเข้าสู่มณฑลหูหนาน หรือ ฮูนาน (อักษรจีน: 湖南; พินอิน: Húnán;) ซึ่งเส้นทางไหลเลาะ ลาด ตามหุบเขานั้นได้ลดระดับความสูงของแม่น้ำจากมากกว่า 5,000 เมตร สู่ระดับที่ต่ำกว่า 1,000 เมตร

แม่น้ำแยงซีไหลเข้าสู่ แอ่งน้ำเสฉวน ณ อี๋ปิน (อักษรจีนตัวเต็ม: 宜賓; อักษรจีนตัวย่อ: 宜宾; พินอิน: Yíbīn) ซึ่งแม่น้ำแยงซีได้บรรจบกับแม่น้ำอีกหลายสาย ณ แอ่งน้ำเสฉวน นี้ จึงทำให้มีปริมาณน้ำมากขึ้นอย่างชัดเจน หลังจากนั้นแม่น้ำแยงซีก็ไหลเลาะตามเส้นแบ่งเขตระหว่างมณฑลฉงชิ่ง (อักษรจีนตัวเต็ม: 重慶; อักษรจีนตัวย่อ: 重庆; พินอิน: Chóngqìng) กับ มณฑลหูเป่ย์ (อักษรจีน: 湖北; พินอิน: Húběi) จากเส้นทางไหลเลาะตามเส้นแบ่งเขตนี้ ก่อให้เกิดซานเชี่ย (อักษรจีนตัวเต็ม: 三峽; อักษรจีนตัวย่อ: 三峡; พินอิน: Sānxiá;) อันโด่งดัง

แม่น้ำแยงซีได้รับปริมาณน้ำเพิ่มขึ้นจากทะเลสาบพัน ๆ แห่งหลังจากไหลเข้าสู่มณฑลหูเป่ย์ ทะเลสาบที่ใหญ่ที่สุดที่มาบรรจบกับแม่น้ำแยงซีคือ ทะเลสาบต้งถิง (อักษรจีน: 洞庭湖; พินอิน: Dòngtíng Hú) ซึ่งเลาะเลียบตามเส้นแบ่งเขตของมณฑลหูหนานกับมณฑลหูเป่ย์ หลังจากเข้าสู่เมืองอู๋ฮั่น (อักษรจีนตัวเต็ม: 武漢; อักษรจีนตัวย่อ: 武汉; พินอิน: Wǔhàn;) แม่น้ำแยงซีได้บรรจบกับแม่น้ำสายย่อยที่ใหญ่ที่สุด นั่นคือแม่น้ำฮั่น โดยที่แม่น้ำฮั่นนำพาปริมาณน้ำมาจากเขตทางเหนือเริ่มจากมณฑลฉ่านซี (อักษรจีนตัวเต็ม: 陝西; อักษรจีนตัวย่อ: 陕西; พินอิน: Shǎnxī)

ทะเลสาบโป๋หยาง (อักษรจีน: 鄱阳湖; พินอิน: Póyáng Hú) ที่ใหญ่ที่สุดของประเทศจีนเข้าบรรจบกับแม่น้ำแยงซีที่ปลายทางตอนเหนือของมณฑลเจียงซี (อักษรจีน: 江西; พินอิน: Jiāngxī) จากนั้นแม่น้ำแยงซีก็ได้รับปริมาณน้ำเพิ่มจากทะเลสาบและแม่น้ำใหญ่น้อยที่นับไม่ถ้วนจากเส้นทางที่ไหลผ่านเข้าสู่มณฑลอานฮุย (อักษรจีน: 安徽; พินอิน: Ānhuī) และมณฑลเจียงซู (อักษรจีนตัวเต็ม: 江蘇; อักษรจีนตัวย่อ: 江苏; พินอิน: Jiāngsū) แล้วสุดท้ายก็ไหลผ่านลงสู่ทะเลจีนตะวันออก (อักษรจีน: 中国东海) ที่เมืองช่างไห่ หรือ เซี่ยงไฮ้ (อักษรจีน: 上海, พินอิน: Shànghǎi)

นอกจากนี้ ในประเทศ จีน แม่น้ำแยงซี เป็น 1 ในแม่น้ำ 3 สาย ที่ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็น "มรดกโลก" ร่วมกับ แม่น้ำโขง และ แม่น้ำสาละวิน ในเขตพื้นที่มณฑลยูนนาน ภายใต้ชื่อ พื้นที่คุ้มครองแม่น้ำขนานสามสายแห่งยูนนาน โดยพื้นที่ดังกล่าว นับได้ว่าเป็นสถานที่แห่งหนึ่งบนโลกที่มีความอุดมสมบูรณ์และความหลายหลายทางชีวภาพสูง