แม่น้ำแยงซีที่ไหลเข้าสู่ทะเลจีนตะวันออกนั้นมีขนาดกว้างและลึกพอสำหรับการสัญจรของเรือเดินสมุทรขนาดใหญ่เป็นระยะทางหลายพันไมล์จากปากทางเข้า แม้ว่าเขื่อนสามผา (อักษรจีน: 三峽大壩; พินอิน: Sānxiá Dàbà) จะยังไม่ได้สร้างก็ตาม ต่อมาในปี 2003 เดือนมิถุนายน เขื่อนสามผา ถูกสร้างขึ้นเพื่อควบคุมปริมาณน้ำจากแม่น้ำแยงซีที่ไหลท่วมเขตการปกครองเฟิ้งเจี๋ย (อักษรจีน: 奉节县; พินอิน: Fèngjié Xiàn) จึงทำให้เขตการปกครองเฟิ้งเจี๋ยเป็นเมืองแรกที่ได้รับการคุ้มครองจากอุทกภัยและได้รับผลประโยชน์จากโครงการผลิตพลังงานไฟฟ้าจากเขื่อนสามผา

เขื่อนสามผา เป็นโครงการชลประทานแบบครอบคลุมที่ใหญ่ที่สุดในโลก และมีผลกระทบต่อภาคเกษตรกรรมของประเทศจีนเป็นอย่างมาก ฝ่ายผู้สนับสนุนโครงการชี้แจงว่า เขื่อนสามผา สามารถให้ผู้คนอาศัยตามริมฝั่งแม่น้ำแยงซีโดยไม่ได้รับผลกระทบจากอุทกภัยอย่างที่เกิดขึ้นบ่อย ๆ ในอดีต พร้อมทั้งยังจำหน่ายไฟฟ้าและลำเลียงเส้นทางน้ำให้ แม้ว่า เขื่อนสามผา จะถูกสร้างขึ้นทับเมืองต่าง ๆ (รวมถึงโบราณสถานหลายแห่ง) และส่งผลกระทบถึงการเปลี่ยนแปลงระบบนิเวศในชุมชนขนาดใหญ่

ฝ่านผู้คัดค้านโครงการชี้แจงว่าอุทกภัยที่เกิดขึ้นบริเวณแม่น้ำแยงซีแบ่งได้เป็น 3 ชนิด กล่าวคือ อุทกภัยบนที่สูง อุทกภัยบนที่ต่ำ และอุทกภัยตามเส้นทางลำน้ำ ฝ่ายผู้คัดค้านกล่าวโต้แย้งว่าที่จริงแล้ว เขื่อนสามผา ทำให้อุทกภัยบนที่สูงร้ายแรงกว่าเดิม แต่บรรเทาอุทกภัยบนที่ต่ำจนแทบไม่ได้รับผลกระทบ เส้นขีดวัดแนวน้ำตื้นของแม่น้ำแยงซีที่บันทึกอยู่ในประวัติศาสตร์จีนตลอด 1,200 ปีที่แล้ว ปัจจุบันน้ำได้ขึ้นท่วมทับเส้นวัดระดับนี้

สายการผลิตทางอุตสาหกรรมอันทันสมัย เช่น การทำเหมืองแร่ โรงงานไฟฟ้า โรงงานก่อสร้าง ถูกสร้างระนาบตามลำน้ำแยงซีเกียง ซึ่งสายการผลิตทางอุตสาหกรรมเหล่านี้มีบทบาทสำคัญต่อการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจในพื้นที่ ทั้งยังเป็นจุดเชื่อมระหว่างการส่งสินค้าจากต่างประเทศเข้าสู่ภายในประเทศ แม่น้ำแยงซีเป็นเส้นทางหลักในการคมนาคมขนส่งทางน้ำ บัดนี้สามารถรองรับการท่องเที่ยวทางน้ำ

ตั้งแต่ปี 2004 บริษัทเรือสำราญจากยุโรปได้นำมาตรฐานระดับสูงเข้ามา พร้อมทั้งความช่วยเหลือจากนักการโรงแรมชาวสวิตเซอร์แลนด์ ชื่อ นิโคลัส ซี โซลารี่ (Nicolas C. Solari) ช่วยกันพัฒนาและเปิดบริการเรือเดินสมุทรขนาดใหญ่สามลำ ล่องเที่ยวบนแม่น้ำแยงซี แม่น้ำแยงซีเป็นหนึ่งในลำน้ำที่มีความวุ่นวายมากที่สุด การคมนาคมของลำน้ำนี้ประกอบด้วยการขนส่งสินค้าจำพวก ถ่านหิน และ สินค้าอุตสาหกรรมต่าง ๆ รวมถึงการขนส่งผู้คนและนักท่องเที่ยว

ในปี 2005 ยอดการขนส่งมีถึง 795 ล้านตัน การท่องเรือใหญ่แบบกินนอนหลาย ๆ วันเพื่อไปชมทัศนียภาพของ หุบเขาซานเชี่ย กำลังเป็นที่นิยมเห็นได้จากการเจริญเติบโตทางภาคอุตสาหกรรมการท่องเที่ยวของประเทศจีน

น้ำท่วมตามแนวแม่น้ำแยงซีเป็นปัญหาใหญ่มาแต่ช้านาน ฤดูฝนในประเทศจีนเริ่มเดือนพฤษภาคม ถึงเดือนมิถุนายนในทางตอนใต้ของแม่น้ำแยงซี และเดือนกรกฎาคม ถึงเดือนสิงหาคมในทางตอนเหนือ ระบบแม่น้ำได้รับน้ำจากทางใต้และทางเหนือ ก่อเกิดปัญหาน้ำท่วมตั้งแต่เดือนพฤษภาคม ถึงเดือนสิงหาคม ซึ่งปัญหาได้ทวีความรุนแรงขึ้นและเสียหายมากขึ้น เนื่องด้วยประชากรที่อาศัยกันหนาแน่นและเมืองที่คับคั่งตามแนวเส้นทางลำน้ำแยงซีเกียง ปัญหาน้ำท่วมขนาดหนักได้พรากชีวิตผู้คนในปี 1954 ประมาณ 30,000 คน ในปี 1935 ประมาณ 142,000 คน ในปี 1931 ประมาณ 145,000 คน ในปี 1911 ประมาณ 100,001 คน

มีการสร้างเขื่อนซานเสียต้าป้า เขื่อนที่ใหญ่ที่สุดในโลกตั้งเหนือแม่น้ำแยงซี