ในปี2007 ความวิตกกังวลว่าปลาโลมาจีน (Finless Porpoise) หรือที่ชาวพื้นเมืองรู้จักในนาม เจียงจู (Jiangzhu) มีแนวโน้มว่าจะสูญพันธุ์ตามปลาโลมาในแม่น้ำแยงซีนามว่า ป๋ายชื่อ (baiji) (อักษรจีน: 白鱀豚; พินอิน: Báijìtún) ในขณะที่ปลาโลมาพันธุ์ป๋ายชื่อถูกเปิดเผยเมื่อปี 2006 ว่าได้สูญพันธุ์ไปแล้ว

มีการเรียกร้องให้อนุรักษ์ปลาโลมาจีน ซึ่งมีจำนวนประชากรประมาณ 1,400 ตัว ปลาโลมาจีน 700-900 ตัวอาศัยอยู่ในแม่น้ำแยงซี และอีกประมาณ 500 ตัวอาศัยอยู่ในทะเลสาบต้งถิงและ ทะเลสาบโป๋หยาง (อักษรจีน: 鄱阳湖; พินอิน: Póyáng Hú)

จำนวนประชากรปลาโลมาจีนในปี 2007 ลดลงจากในปี 1997 มากกว่าครึ่ง และจำนวนประชากรปลาโลมาจีนลดลงที่ 7.3% ต่อปี

การจราจรที่คับแน่นบนผิวน้ำของแม่น้ำแยงซีได้ขับไล่ปลาโลมาจีนให้ไปอยู่ในทะเลสาบต่าง ๆ แทน ณ ทะเลสาบโป๋หยาง ซึ่งเป็นทะเลสาบน้ำจืดที่ใหญ่ที่สุดในประเทศจีน มีการขุดลอกพื้นทรายใต้ทะเลสาบเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนาเศรษฐกิจภูมิภาคในช่วงปีหลัง ๆ ทั้งยังเป็นรายได้ที่สำคัญของภูมิภาคตามแนวทะเลสาบอีกด้วย ซึ่งโครงการขุดลอกพื้นทรายเหล่านี้เป็นปัจจัยหลักที่ส่งผลกระทบต่อประชากรสัตว์ป่าที่อาศัยอยู่ในภูมิภาคนี้ให้ถึงแก่ความตาย

การขุดลอกทำให้น้ำในทะเลสาบขุ่นมัวขึ้นอย่างมาก ส่งผลให้ปลาโลมาจีนไม่สามารถมองเห็นทางได้ไกลเหมือนเช่นแต่ก่อน จึงทำให้ปลาโลมาจีนต้องพึ่งพาระบบโซน่า (Sonar Systems) ของตนในการหลบหลีกอุปสรรคต่าง ๆ และหาอาหาร การขนส่งทางน้ำในทะเลสาบยังส่งผลกระทบต่อการได้ยินเสียงการเคลื่อนไหวของเหยื่อของปลาโลมาจีนอีกด้วย นอกจากนี้ปฏิกูลหนักจากแอมโมเนีย (Ammonia) ไนโตรเจน (Nitrogen) ฟอสฟอรัส (Phosphorus) และอื่นๆยังสร้างมลพิษอย่างสาหัสแก่พื้นที่ประมาณหนึ่งในสามส่วนของแม่น้ำสายย่อยหลัก ๆ อย่าง แม่น้ำมินเจียง (อักษรจีน: 岷江; พินอิน: Mín Jiāng) แม่น้ำถัวเจียง แม่น้ำเซียงเจียง (อักษรจีน: 湘江; พินอิน: Xiāng Jiāng) และหวงผู่ (อักษรจีน: 黃浦江; พินอิน: Huángpŭ Jiāng) ซึ่งส่งผลให้ปลาที่อาศัยอยู่ในแม่น้ำเหล่านั้นมีขนาดเล็กลง

ปลาในแม่น้ำแยงซี 3 ชนิด ที่ได้รับการขนามนามว่าเป็น ราชาปลาแห่งแยงซี ได้แก่ ปลาเตาอี๋ว์ (อักษรจีน: 刀鱼, ชื่อวิทยาศาสตร์: Coilia ectenes) ซึ่งเป็นปลาในวงศ์ปลาแมว (Engraulidae) ปลาตะลุมพุกจีน (จีน: 鲥鱼, ชื่อวิทยาศาสตร์: Tenualosa reevesii) ในวงศ์ปลาหลังเขียว (Clupeidae) และปลาปักเป้าแม่น้ำ (จีน: 河豚, ชื่อวิทยาศาสตร์: Takifugu rubripes) ในวงศ์ปลาปักเป้า (Tetraodontidae) เป็นปลาที่มีรสชาติอร่อยขึ้นชื่อมานานคู่กับแม่น้ำแห่งนี้ แต่การถูกจับในปริมาณที่มาก ประกอบภับมลภาวะที่เพิ่มขึ้น ทำให้ปลามีปริมาณลดลงเรื่อย ๆ จากเดิม ในทศวรรษที่ 1980 และจากปี 1996 ก็แทบจะไม่ได้เห็นอีกเลย หรือไม่ก็มีราคาแพงมาก[2]