แม้จะมีการประมาณในแง่ดีว่ามีแรดชวามากกว่า 100 ตัวในป่า แต่แแรดชวาก็ยังจัดเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมขนาดใหญ่ที่ถูกคุกคามจนอยู่ในขั้นวิกฤติมากที่สุดในโลก ถึงแม้ว่ากระซู่จะมีจำนวนมากกว่าแต่แหล่งการกระจายพันธุ์ของมันก็ไม่ได้รับการปกป้องเท่ากับของแรดชวา ทำให้มีนักอนุรักษ์บางคนคิดว่ากระซู่มีอัตราเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์มากกว่า ปัจจุบันเท่าที่ทราบ มีแรดชวาหลงเหลืออยู่เพียง 2 แห่งเท่านั้นคืออุทยานแห่งชาติอูจุงกูลนที่อยู่ปลายทางทิศตะวันตกของชวาและอุทยานแห่งชาติก๊าตเตียนซึ่งอยู่ห่างจากนครโฮจิมินห์ไปทางเหนือประมาณ 150 กม.[10][21]

แรดชวามีการกระจายพันธุ์จากรัฐอัสสัมถึงเบงกอล (ที่ซึ่งกระจายพันธุ์ซ้อนทับกับกระซู่และแรดอินเดีย[14]) ไปทางตะวันออกถึงพม่า ไทย กัมพูชา ลาว เวียดนาม และทางใต้ไปถึงคาบสมุทรมลายูและเกาะในสุมาตรา ชวา และอาจในบอร์เนียวด้วย[22] ในปี พ.ศ. 2514 ประเทศไทยมีรายงานว่าพบแรดชวาตามเทือกเขาตะนาวศรี[23] และในป่าลึกตามแนวรอยต่อจังหวัดระนอง พังงา และสุราษฎร์ธานี[24] แต่ปัจจุบัน แรดชวาถูกจัดให้เป็นสัตว์ที่สูญพันธุ์ไปจากธรรมชาติแล้วในประเทศไทย[3]

แรดชวาอาศัยอยู่ในป่าต่ำที่เป็นป่าดิบชื้น หญ้าสูงและมีต้นกกปกคลุมริมแม่น้ำ ที่ลุ่มขนาดใหญ่ หรือพื้นที่ชุ่มชื้นที่มีปลักโคลน แม้ว่าโดยทั่วไปแล้วแรดชวาจะอาศัยอยู่ในที่ราบ แต่ชนิดย่อยในเวียดนามกลับอาศัยอยู่ในป่าสูง (มากถึง 2,000 ม.) อาจเป็นเพราะการล่าและการบุกรุกถิ่นอาศัยจากมนุษย์[12]

พิสัยถิ่นอาศัยของแรดชวาหดตัวลงในเวลาไม่ถึง 3,000 ปี เริ่มขึ้นเมื่อประมาณ 1000 ปีก่อนคริสต์ศักราช พิสัยทางทิศเหนือแผ่ขยายถึงประเทศจีน และเริ่มเคลื่อนไปทางใต้ประมาณ 0.5 กม.ต่อปีจากการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ที่เพิ่มขึ้นในพื้นที่[25] แรดชวาสูญพันธุ์ไปจากประเทศอินเดียภายใน 10 ปีแรกของคริสต์ศตวรรษที่ 20[14] ในมาเลเซียตะวันตกแรดชวาโดนล่าจนสูญพันธุ์ในปี พ.ศ. 2475[26] เมื่อสิ้นสุดสงครามเวียดนามเชื่อกันว่าแรดเวียดนามสูญพันธุ์ไปจากบนแผ่นดินใหญ่ของทวีปเอเชียแล้ว แม้ว่ามีรายงานว่าพบแรดชวาที่ภูเขากระวาน (Cardamom) ในกัมพูชาโดยพรานป่าและคนตัดไม้แต่การสำรวจของพื้นที่จะยังไม่พบหลักฐานใด ๆ ที่แสดงว่ามีแรดชวาอาศัยอยู่[27] อาจมีประชากรแรดชวาหรือกระซู่กลุ่มเล็ก ๆ อยู่ในเกาะของบอร์เนียว[22]