แรดชวามีขนาดเล็กกว่าแรดอินเดียซึ่งเป็นลูกพี่ลูกน้องกับมัน มันมีขนาดใกล้เคียงกับแรดดำ ลำตัวยาว (รวมหัว) 3.1–3.2 ม. สูง 1.4–1.7 ม. เมื่อโตเต็มที่หนัก 900-2,300 กก. เนื่องจากแรดชวาอยู่ในสภาวะใกล้สูญพันธุ์จนถึงขั้นวิกฤติการวัดที่แม่นยำจึงไม่เคยกระทำและไม่มีความสำคัญ[5] ไม่มีความแตกต่างระหว่างเพศเด่นชัด แต่เพศเมียอาจใหญ่กว่าเพศผู้เล็กน้อย แรดชวาในเวียดนามมีขนาดเล็กกว่าในชวาโดยคำนวณจากรูปถ่ายและรอยเท้า[19]

แรดชวามีนอเดียวเหมือนแรดอินเดีย (ชนิดอื่นมีสองนอ) จึงได้อีกชื่อว่า แรดนอเดียว นอของมันมีขนาดเล็กที่สุดในบรรดาแรดทั้งหมด ปกติยาวน้อยกว่า 20 ซม. เท่าที่มีการบันทึกนอที่ยาวที่สุดยาว 27 ซม. ไม่ปรากฏว่าแรดชวาใช้นอในการต่อสู้ น่าจะมีไว้ใช้ในการขุดโคลน ดันต้นไม้ลงเพื่อกิน และดันสิ่งของที่กีดขวางทางเดิน แรดชวามีปากบนยาวแหลมไว้ช่วยคว้ากับอาหารเหมือนแรดเล็มกินชนิดอื่น (แรดดำ สุมาตรา และ อินเดีย) มันมีฟันหน้าล่างยาวและคมซึ่งเมื่อเกิดการต่อสู้มันจะใช้ฟันนี้กัด หลังฟันหน้ามีฟันกรามที่มีปุ่มเตี้ย ๆ สองแถวใช้สำหรับเคี้ยวพืชหยาบ ๆ แรดชวามีประสาทการดมกลิ่นและฟังเสียงดีแต่มีสายตาที่แย่เหมือนกันกับแรดทุกชนิด ประมาณกันว่ามันมีอายุ 30-45 ปี[19]

แรดชวาไม่มีขน มีหนังสีเทาหรือน้ำตาลเทา มีรอยพับที่ไหล่ หลังขาหน้า และสะโพก ทำให้ดูคล้ายกับว่ามันสวมเสื้อเกราะอยู่ รอยพับที่คอของแรดชวาเล็กกว่าของแรดอินเดีย แต่จะมีรูปร่างคล้ายอานม้าปกคลุมไปที่ไหล่ ง่ามก้นไม่เป็นร่อง ดังนั้นหางของแรดชวาจึงโด่งออกไปผิดกับแรดอินเดียที่มีง่ามก้นซึ่งตามปกติจะซุกหางไว้ในนั้น เพราะการเข้าไปรบกวนอาจทำให้แรดชวาเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ ทำให้การศึกษาในขั้นต้นทำได้เพียงศึกษาจากมูลตัวอย่างและกับดักกล้อง แรดชวานั้นยากที่จะพบเจอ สังเกตพฤติกรรม และวัดได้โดยตรง[20]