สกุล Malus มีศูนย์กลางความหลากหลายอยู่ที่ภาคตะวันออกของประเทศตุรกี เป็นไปได้ว่าต้นแอปเปิลเป็นต้นไม้ชนิดแรกสุดที่ถูกปลูกขึ้น[6] และผลแอปเปิลได้รับการปรับปรุงผ่านการคัดเลือกเป็นเวลาหลายพันปี อเล็กซานเดอร์มหาราชได้ชื่อว่าค้นพบผลแอปเปิลแคระในประเทศคาซัคสถานเมื่อ 328 ปีก่อนคริสต์ศักราช ผลแอปเปิลแคระที่เขานำกลับไปที่มาซิโดเนียอาจเป็นต้นตระกูลของรากแอปเปิลพันธุ์แคระก็ได้ แอปเปิลฤดูหนาวที่ถูกเก็บในปลายฤดูใบไม้ร่วงและป้องกันความเย็นไว้ เป็นอาหารที่สำคัญในเอเชียและยุโรปมาเป็นเวลาพันปีแล้ว[6]

กลุ่มอาณานิคมนำแอปเปิลเข้ามาในอเมริกาเหนือในคริสต์ศตวรรษที่ 17 และสวนแอปเปิลแห่งแรกในทวีปอเมริกาเหนือ เกิดขึ้นในบอสตันโดยบาทหลวงวิลเลียม แบร็กซ์ตัน เมื่อ ค.ศ. 1625[7] แอปเปิลเพียงชนิดเดียวที่มีต้นกำเนิดมาจากอเมริกาเหนือคือ แคร็บแอปเปิล (crab apple) ซึ่งครั้งหนึ่งเคยเรียกว่า "common apple"[8] แอปเปิลหลากหลายสายพันธุ์ที่นำเข้าจากยุโรปในรูปของเมล็ดแพร่หลายตามเส้นทางการค้าของชาวอเมริกันดั้งเดิม และถูกนำไปปลูกที่สวนของกลุ่มอาณานิคม รายการแอปเปิลที่ได้รับการดูแลอย่างดีในสหรัฐอเมริกาเมื่อ ค.ศ. 1845 ขายสายพันธุ์ที่ "ดีที่สุด" ได้ 350 สายพันธุ์ แสดงให้เห็นว่าแอปเปิลสายพันธุ์จากอเมริกาเหนือเพิ่มจำนวนขึ้นอย่างรวดเร็วภายในคริสต์ศตวรรษที่ 19[8] ในคริสต์ศตวรรษที่ 20 โครงการชลประทานหลายโครงการในวอชิงตันตะวันออกได้ริเริ่มขึ้นและมีการพัฒนาอุตสาหกรรมผลไม้ระดับหลายพันล้าน โดยมีแอปเปิลเป็นผลิตภัณฑ์ชั้นนำ

จนกระทั่งคริสต์ศตวรรษที่ 20 ชาวไร่เก็บแอปเปิลไว้ในห้องเก็บป้องกันความเย็นตลอดฤดูหนาวสำหรับใช้และสำหรับขาย ต่อมาการคมนาคมขนส่งแอปเปิลที่พัฒนาขึ้นได้เข้ามาแทนที่ ทำให้การเก็บรักษาไม่จำเป็นอีกต่อไป[9][10] ในคริสต์ศตวรรษที่ 21 การเก็บรักษาแอปเปิลในระยะยาวกลับมาได้รับความนิยมอีกครั้ง เนื่องจากมีสาธารณูปโภคที่ "ควบคุมบรรยากาศได้" สามารถเก็บแอปเปิลได้นานถึงปี สาธารณูปโภคดังกล่าวใช้ความชื้นสูง ออกซิเจนต่ำ และควบคุมระดับคาร์บอนไดออกไซด์เพื่อรักษาความสดของแอปเปิล[11][12]