โตเกียวซึ่งเป็นศูนย์กลางของภูมิภาคคันโตตอนใต้ เป็นศูนย์กลางการคมนาคมภายในประเทศและระหว่างประเทศที่ใหญ่ที่สุดของญี่ปุ่น ทั้งทางรถไฟ รถยนต์ และทางอากาศ การขนส่งมวลชนภายในโตเกียวที่สำคัญคือรถไฟและรถใต้ดินที่มีเครือข่ายกว้างใหญ่และมีระบบการขนส่งที่มีประสิทธิภาพ

ภายในโตเกียวมีท่าอากาศยานนานาชาติฮาเนดะ (โตเกียว) ซึ่งให้บริการเที่ยวบินในประเทศเป็นส่วนใหญ่และเป็นสนามบินที่มีจำนวนผู้ใช้บริการมากที่สุดในเอเชีย[30] ท่าอากาศยานนานาชาติหลักคือท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะซึ่งอยู่ในจังหวัดชิบะ เกาะต่าง ๆ ในหมู่เกาะอิซุก็มีสนามบินของตนเอง เช่น ท่าอากาศยานฮาจิโจจิมะ ท่าอากาศยานมิยาเกจิมะ ท่าอากาศยานโอชิมะ และมีเที่ยวบินมายังสนามบินฮาเนดะ แต่หมู่เกาะโองาซาวาระยังไม่มีสนามบิน เพราะมีข้อโต้แย้งว่าไม่ควรสร้างสนามบินเพราะจะเป็นภัยคุกคามต่อธรรมชาติของเกาะ[31]

นอกจากนี้รถไฟยังเป็นการคมนาคมหลักในโตเกียว ซึ่งมีเครือข่ายทางรถไฟในเมืองขนาดใหญ่ที่สุดในโลก โดยบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันออกเป็นผู้ให้บริการรถไฟที่ใหญ่ที่สุด ซึ่งรวมถึงรถไฟสายยามาโนเตะ ซึ่งวิ่งเป็นวงผ่านสถานีที่สำคัญของโตเกียวเช่นสถานีโตเกียวและชินจูกุ รถไฟฟ้าใต้ดินให้บริการโดยโตเกียวเมโทรและสำนักขนส่งมหานครโตเกียว (โทเอ)