โตเกียวเป็น 1 ใน 3 ศูนย์กลางทางการเงินของโลกร่วมกับนครนิวยอร์กและลอนดอน โตเกียวเป็นเขตเมืองที่มีเศรษฐกิจที่ใหญ่ที่สุดในโลก จากการสำรวจพบว่าในเขตอภิมหานครโตเกียวซึ่งมีประชากรประมาณ 35.2 ล้านคน มี GDP รวม 1.191 ล้านดอลลาร์สหรัฐในปี 2005 (เทียบด้วยความเท่าเทียมกันของอำนาจซื้อ) ทำให้โตเกียวเป็นเขตเมืองที่มี GDP สูงที่สุดในโลก[26] ในปี 2008 มีบริษัท 47 แห่งในรายชื่อ Fortune Global 500 ที่มีฐานอยู่ในโตเกียว ซึ่งมากเป็นเกือบ 2 เท่าของเมืองอันดับ 2[27]

โตเกียวเป็น 1 ในศูนย์กลางหลักทางการเงินระหว่างประเทศ[28] และมีสำนักงานใหญ่ของวาณิชธนกิจและบริษัทประกันภัยที่ใหญ่ที่สุดในโลกหลายแห่ง ในระหว่างการพัฒนาทางเศรษฐกิจของญี่ปุ่นหลังสงครามโลกครั้งที่สอง ซึ่งเป็นการพัฒนาภายใต้การควบคุมจากทางการ บริษัทใหญ่ ๆ หลายแห่งย้ายสำนักงานใหญ่จากเมืองต่าง ๆ เช่น โอซากะ (ซึ่งเป็นเมืองหลวงทางการค้าในอดีต) มายังโตเกียว โดยหวังว่าจะได้ประโยชน์จากการที่ติดต่อรัฐบาลได้สะดวกขึ้น แต่แนวโน้มนี้ก็ชะลอตัวลงเมื่อประชากรเพิ่มขึ้นและทำให้ค่าครองชีพสูงตามขึ้นไปด้วย

ตลาดหลักทรัพย์โตเกียวเป็นตลาดหลักทรัพย์ที่ใหญ่ที่สุดของญี่ปุ่นและใหญ่เป็นอันดับ 3 ของโลก โดยมูลค่าการซื้อขายในตลาดใหญ่เป็นอันดับ 4 ในปี 2003 โตเกียวมีพื้นที่เพื่อการเกษตรกรรมถึง 8.46 ตร.กม.[29] ตามข้อมูลของกระทรวงเกษตรป่าไม้และประมงญี่ปุ่น การเกษตรกรรมมีมากในพื้นที่โตเกียวตะวันตก โดยสินค้าที่เน่าเปื่อยง่ายเช่นผัก ผลไม้ และดอกไม้สามารถขนส่งอย่างสะดวกและรวดเร็วไปยังตลาดในแขวงพิเศษของจังหวัด โดยมี "โคมัตสึนะ" หรือผักโขมเป็นผักเศรษฐกิจ