โตเกียวเคยเรียกว่าเอโดะแปลว่าปากน้ำ [7] เมื่อกลายเป็นเมืองหลวงของญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 1868 ก็เปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียวแปลว่ากรุงตะวันออก (โท 東 "ตะวันออก", เกียว 京 "กรุง")[7] ในตอนต้นยุคเมจิบางครั้งเรียกโตเกียวว่าโทเก ซึ่งเป็นวิธีอ่านอีกแบบของตัวคันจิ แต่ปัจจุบันเลิกใช้แล้ว[8] นอกจากนี้โตเกียวยังมีอีกความหมายหนึ่ง ซึ่งหมายถึงขนมที่ดังเป็นอย่างมากในเมืองไทย เนื่องจากชื่อมีความเหมือนขนมเมืองหลวงอย่างปักกิ่งอีกด้วย