ในค.ศ. 1619 โทะกุงะวะ โยะริโนะบุ (徳川頼宣) บุตรชายคนที่สิบของโชกุนอิเอะยะซุ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นไดเมียวแห่งแคว้นคิอิ (紀伊) คนแรก และเป็นผู้ก่อตั้งตระกูลโทะกุงะวะสาขาคิชู (Kishū-Tokugawa-ge, 紀州徳川家) อันเป็นหนึ่งในโงะซันเกะ (Gosanke, 御三家) หรือสาขารองของตระกูลโทะกุงะวะจำนวนสามสาขา ที่สามารถสืบทอดตำแหน่งโชกุนได้ในกรณีที่ตระกูลโทะกุงะวะสาขาหลักได้สูญสิ้นไป

โทะกุงะวะ โยะชิมุเนะ เกิดเมื่อค.ศ. 1684 ที่ปราสาทวะกะยะมะ เป็นบุตรชายคนที่สี่ของโทะกุงะวะ มิสึซะดะ (徳川光貞) ผู้ซึ่งเป็นบุตรชายของโทะกุงะวะ โยะริโนะบุ ดังนั้นโยะชิมุเนะจึงเป็นหลานของโยะริโนะบุ หรือว่าเป็นเหลนของปฐมโชกุนอิเอะยะซุนั่นเอง เมื่อค.ศ. 1697 ได้รับการแต่งตั้งจากโชกุนโทะกุงะวะ สึนะโยะชิ ให้เป็นไดเมียวแห่งแคว้นคะซุระโนะ (Kazurano, 葛野藩) ได้รับชื่อว่า โทะกุงะวะ โยะริมะสะ (Tokugawa Yorimasa, 徳川頼方) จนในค.ศ. 1705 ทั้งมิสึซะดะบิดาของตน และพี่ชายของตนคือ โทะกุงะวะ โยะริโมะโตะ (徳川頼職) ไดเมียวคนที่สี่แห่งแคว้นคิอิต่างเสียชีวิตลง โยะริมะสะจึงได้สืบทอดตำแหน่งไดเมียวแห่งแคว้นคิอิต่อจากพี่ชาย เป็นไดเมียวคนที่ห้าของแคว้นนี้ และเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น โทะกุงะวะ โยะชิมุเนะ

ในสมัยที่เป็นไดเมียวแห่งแคว้นคิอิ โยะชิมุเนะได้ทำการปฏิรูประบบเศรษฐกิจในแคว้นของตน จนสามารถชำระหนี้จำนวนมหาศาลที่แคว้นคิอิมีต่อบะกุฟุตั้งแต่สมัยของพี่ชาย