ในค.ศ. 1583 ฮิเดโยชิได้สร้างปราสาทโอซากะให้เป็นที่พำนักของตน ให้ยิ่งใหญ่กว่าปราสาทอะซุจิอันเป็นที่พำนักของโอดะ โนบูนางะ

ฮิเดโยชิมีความทะเยอทะยานอยากที่จะเป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นทั้งหมด และต้องการตำแหน่งโชกุน ฮิเดโยชิจึงสร้างสัมพันธ์อันดีกับราชสำนักเกียวโต แต่ฮิเดโยชิไม่สามารถรับตำแหน่งโชกุนได้เนื่องจากไม่ได้สืบเชื้อสายมาจากตระกูลมินาโมโตะ ใน ค.ศ. 1585 ฮาชิบะ ฮิเดโยชิ ร่วมกับฮาชิบะ ฮิเดนางะ น้องชาย และไดเมียวจากภูมิภาคชูโงะกุอีกสองคนคือ อุกิตะ ฮิเดอิเอะ (宇喜多秀家) และโคบายากาวะ ทากากาเงะ (小早川隆景) เข้ารุกรานเกาะชิโกกุ ซึ่งในขณะนั้นปกครองโดยโจโซะคะเบะ โมะโตะจิกะ (長宗我部 元親) โดยที่ตระกูลโจโซะคะเบะก็ได้ยอมจำนนแต่โดยดี

ใน ค.ศ. 1586 ฮาชิบะ ฮิเดโยชิ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น "คัมปะกุ" (関白) หรือผู้สำเร็จราชการแทนพระจักรพรรดิ รวมทั้งได้รับพระราชทานนามสกุลใหม่จากพระจักรพรรดิว่า โทโยโตมิ และในปีเดียวกันนั้นเอง คัมปะกุฮิเดโยชิได้สร้างคฤหาสน์จูระกุได (聚楽第) ไว้เป็นที่พำนักของตนในเมืองเกียวโตและเป็นที่รับรององค์พระจักรพรรดิ

การรุกรานคีวชู

ฝ่ายทางเกาะคีวชูนั้น ตระกูลชิมะซุแห่งแคว้นซะสึมะทางตอนใต้ของเกาะคีวชู นำโดย ชิมะซุ โยะชิฮิสะ (島津義久) ได้เข้ารุกรานและมีชัยชนะเหนือตระกูลโอโตะโมะ (大友) ทางตอนเหนือของเกาะคีวชู ใน ค.ศ. 1585 ตระกูลโอโตะโมะจึงได้ขอความช่วยเหลือไปยังฮิเดโยชิ ฮิเดโยชิได้ออกคำสั่งในฐานะคัมปะกุว่า ให้ตระกูลชิมะซุหยุดการขยายอาณาเขต แต่ชิมะซุ โยะชิฮิสะ ไม่เชื่อฟัง ใน ค.ศ. 1586 คัมปะกุฮิเดโยชิจึงนำทัพขนาดมหึมาพร้อมกับฮิเดนางะน้องชายของตน เข้ารุกรานเกาะคีวชู (九州の役) เพื่อปราบปรามตระกูลชิมะซุ ผลคือความพ่ายแพ้ของตระกูลชิมะซุ โดยชิมะซุ โยะชิฮิสะยอมโกนศีรษะบวชเป็นพระภิกษุเพื่อแสดงความพ่ายแพ้และรักษาแคว้นซะสึมะไว้

เมื่อคัมปะกุฮิเดโยชิเดินทางมาถึงเกาะคีวชู ก็พบว่าดินแดนแห่งนี้เต็มไปด้วยชาวคริสเตียนและมิชชันนารีชาวโปรตุเกส ที่ได้เข้ามายังญี่ปุ่นตั้งแต่สมัยเซงโงะกุ ใน ค.ศ. 1587 คัมปะกุฮิเดโยชิจึงได้ออกประกาศขับไล่ชาวคริสเตียนและมิชชันนารีออกจากญี่ปุ่น (バテレン追放令) นับว่าเป็นผู้นำญี่ปุ่นคนแรกที่ออกนโยบายกดขี่ชาวคริสเตียน แต่ประกาศในครั้งนี้ยังไม่เป็นที่ใส่ใจมากนัก และใน ค.ศ. 1588 ได้ออกกฎหมายริบอาวุธ (刀狩) เพื่อริบอาวุธคือจากชาวนาและอะชิงะรุหรือชาวนานักรบทั้งหลาย เพื่อป้องกันการลุกฮือหรือการเลี่อนชั้นจากชาวนามาเป็นซะมุไร อย่างเช่นตัวฮิเดโยชิเองได้กระทำ และกำหนดว่าชนชั้นซะมุไรเท่านั้นที่มีสิทธิถือครองอาวุธได้ กฎหมายนี้ยังคงมีผลต่อไปในสมัยเอโดะ

สงครามกับตระกูลโฮโจ

เมื่อขยายอำนาจไปจนสุดทางตะวันตกของญี่ปุ่นแล้ว ก็เหลือไดเมียวที่ทรงอำนาจเพียงตระกูลเดียวหลงเหลืออยู่ นั่นคือตระกูลโฮโจในภูมิภาคคันโตทางตะวันออก แต่ทว่าตระกูลโฮโจนั้น เป็นพันธมิตรกับโทกูงาวะ อิเอยาซุ แม้จะเป็นเช่นนั้น แต่คัมปะกุฮิเดโยชิก็ยังคงยืนกรานที่จะขอความช่วยเหลือจากอิเอยาซุในการปราบปรามตระกูลโฮโจ ใน ค.ศ. 1590 คัมปะกุฮิเดโยชิได้ส่งทัพไปทางตะวันออกนำโดยอิเอยาซุเข้าปราบปรามตระกูลโฮโจ ท่ามกลางความหวาดระแวงซึ่งกันและกัน อิเอยาซุได้นำทัพเข้าล้อมปราสาทโอดะวะระ (小田原征伐) และสามารถหักตีเอาปราสาทได้ในที่สุด โฮโจ อุจิมะสะ (北条氏政) ผู้นำตระกูลโฮโจ ทำเซ็ปปุกุเสียชีวิตไป คัมปะกุฮิเดโยชิได้ตอบแทนโทกูงาวะ อิเอยาซุ โดยการยึดแคว้นมิกาวะ อันเป็นแคว้นของตระกูลโทกูงาวะแต่เดิมคืนมา แล้วให้ไปปกครองภูมิภาคคันโตอันเป็นดินแดนที่เคยเป็นของตระกูลโฮโจ เพื่อเป็นการขับไล่อิเอยาซุอันเป็นคู่แข่งคนสำคัญของฮิเดโยชิไปอยู่ทางตะวันออกอันห่างไกล อิเอยาซุจึงย้ายฐานที่มั่นไปยังปราสาทเอโดะ (เมืองโตเกียวในปัจจุบัน)

ชัยชนะเหนือตระกูลโฮโจทำให้ตระกูลโทโยโตมิปราศจากผู้ท้าทายอำนาจอีกต่อไป เมื่อดาเตะ มาซามูเนะ ไดเมียวแห่งภูมิภาคโทโฮกุทางตะวันออกเฉียงเหนือสุดของเกาะฮอนชูเข้าสวามิภักดิ์ต่อฮิเดโยชิ จึงเท่ากับว่าการรวบรวมอาณาจักรญี่ปุ่นให้เป็นหนึ่งเดียวตั้งแต่สมัยของโอดะ โนบูนางะนั้น เป็นอันเสร็จสมบูรณ์

อีกทั้งยังได้ขุนพลนาริตะ นากาจิกะ และ คาอิฮิเมะ เข้ามาเป็นพวก