ไทโคฮิเดโยชิหลังจากที่ได้จัดงานดอกซะกุระบานที่วัดไดโง (醍醐の花見) ในเมืองเกียวโตใน ค.ศ. 1598 ได้ล้มป่วยลงในฤดูร้อนปีนั้น ในขณะที่สงครามในเกาหลียังไม่คลี่คลาย ท่านไทโคแม้ว่าจะมีผู้สืบทอดแล้ว คือฮิโระอิมะรุ หรือ โทโยโตมิ ฮิเดโยริ (豊臣秀頼) ซึ่งอายุเพียงห้าปี ไทโคฮิเดโยชิเกรงว่าหากว่าตนเสียชีวิตไปโดยที่บุตรชายอายุยังน้อยอาจถูกไดเมียวผู้ทรงอำนาจคนอื่นแย่งชิงอำนาจไป จึงได้ก่อตั้งคณะผู้สำเร็จราชการแทนขึ้น ได้แก่ โงะไทโร (五大老) หรือผู้อาวุโสทั้งห้า ประกอบด้วยไดเมียวผู้ทรงอำนาจที่สุดในเวลานั้นจำนวนห้าท่าน ได้แก่

• โทกูงาวะ อิเอยาซุ (徳川家康)
• มาเอดะ โทชิอิเอะ (前田利家)
• โมริ เทรูโมโตะ (毛利輝元)
• อุเอะสึงิ คะเงะคัตสึ (上杉景勝)
• อุกิตะ ฮิเดอิเอะ (宇喜多秀家)

และยังมีคณะผู้บริหารที่ทำหน้าที่บริหารงานหลังจากที่ท่านไทโคถึงแก่อสัญกรรม จำนวนห้าคน เรียกว่า โงะบุเกียว (五奉行) ประกอบด้วย

• อิชิดะ มิตสึนะริ (石田三成)
• อะสะโนะ นะงะมะสะ (浅野長政)
• มะชิตะ นะงะโนะริ (増田長盛)
• นะงะสึกะ มะซะอิเอะ (長束正家)
• มาเอดะ เง็นอิ (前田玄以)

ไทโคฮิเดโยชิ ได้ถึงแก่อสัญกรรมลงในฤดูใบไม้ร่วงปี ค.ศ. 1598 ที่ปราสาทฟุชิมิ (伏見) หรือปราสาทโมะโมะยะมะ (桃山) ในเมืองเกียวโต ด้วยอายุ 61 ปี ได้มีคำสั่งสุดท้ายให้ถอนทัพญี่ปุ่นทั้งหมดกลับคืนมาจากเกาหลี และให้ปิดบังการถึงแก่อสัญกรรมของท่านไทโคไม่ให้เหล่าทหารได้ทราบด้วยเกรงว่าจะเสียกำลังใจ ในปีต่อมาใน ค.ศ. 1599 จึงได้มีการประกาศการถึงแก่อสัญกรรมของไทโคฮิเดโยชิอย่างเป็นทางการ

โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ นับเป็นบุคคลที่สำคัญที่สุดคนหนึ่งในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น มีกำเนิดจากชนชั้นชาวนา แต่สามารถก้าวขึ้นมาเป็นซะมุไรที่ยิ่งใหญ่ที่สุดคนหนึ่ง บรรลุภารกิจการรวบรวมประเทศญี่ปุ่นที่แตกออกเป็นแคว้นต่างๆ ในยุคเซงโงะกุได้สำเร็จ สืบสานเจตนารมณ์ของโอดะ โนบูนางะ

แต่ทว่าการปกครองของตระกูลโทโยโตมิหลังจากการอสัญกรรมของฮิเดโยชิแล้วนั้นอยู่ได้เพียงไม่นาน ใน ค.ศ. 1599 มาเอดะ โทชิอิเอะ ไทโรผู้อาวุโสที่สุดได้ถึงแก่อสัญกรรมลง ทำให้โทกูงาวะ อิเอยาซุกลายเป็นไดเมียวผู้ที่มีอำนาจมากที่สุดในญี่ปุ่น แต่ก็ยังเป็นที่ต่อต้านของผู้ที่จงรักภักดีต่อตระกูลโทโยโตมิ อันประกอบด้วยอิชิดะ มิตสึนะริ (石田三成) คนรับใช้คนสนิทของฮิเดโยชิ และไทโรอีกสามคนที่เหลือ จนกระทั่งนำไปสู่ยุทธการเซะกิงะฮะระ (関ヶ原の戦い) ซึ่งเป็นความพ่ายแพ้ของอิชิดะ มิตสึนะริผู้ซึ่งถูกประหารชีวิตไป ชัยชนะของอิเอยาซุทำให้เขาได้อำนาจเป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นโดยแท้จริงอย่างเบ็ดเสร็จ และได้รับการแต่งตั้งเป็นโชกุนใน ค.ศ. 1603 อันเป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลเอโดะ

ฝ่ายโทโยโตมิ ฮิเดโยริ ยังคงมีชีวิตเติบใหญ่อยู่ในปราสาทโอซากะ ภายใต้การดูแลของนางโยโดผู้เป็นมารดา ได้ถูกโชกุนอิเอยาซุลดฐานะลงเป็นเพียงไดเมียวธรรมดา ใน ค.ศ. 1614 ฮิเดโยริได้สมคบคิดกับมารดาของตน ซ่องสุมกำลังพลเตรียมก่อการกบฏเพื่อคืนอำนาจให้แก่ตระกูลโทโยโตมิ ทำให้อิเอยาซุตัดสินใจที่จะกำจัดตระกูลโทโยโตมิให้สิ้นซาก นำไปสู่การล้อมปราสาทโอซากะ (大坂の陣) ในฤดูใบไม้ร่วงและฤดูหนาวใน ค.ศ. 1615 เมื่อทัพของฝ่ายโทโยโตมิพ่ายแพ้และทัพโทกูงาวะสามารถเข้ายึดปราสาทได้ ฮิเดโยริจึงกระทำเซ็ปปุกุเสียชีวิตไปพร้อมกับมารดา เป็นการอวสานของตระกูลโทโยโตมิ