อาการปวดศีรษะไมเกรนมักจะปวดศีรษะครึ่งซีก แต่บางครั้งเป็นสองข้างก็ได้ โดยมักกินเวลาปวด 4-72 ชั่วโมง ซึ่งมักจะมีการปวดตุ๊บๆ และส่วนมากจะพบอาการคลื่นไส้อาเจียนร่วมด้วย รวมถึงอาจมีหรือไม่มีอาการนำทางสายตา เช่น เห็นแสงซิกแซก, แสงวาบ เป็นต้น อาการปวดศีรษะไมเกรนแบ่งตามอาการนำได้เป็น 2 กลุ่ม ได้แก่

1. Migraine without aura จะไม่มีอาการผิดปกติทางสายตานำมาก่อนการปวดศีรษะ มักจะมีอาการคลื่นไส้อาเจียนร่วมด้วย
2. Migraine with aura จะมีอาการผิดปกติผิดปกตินำมาก่อนการปวดศีรษะ เช่น เห็นแสงซิกแซก, แสงวาบ โดยมักจะอาการเหล่านี้ก่อนปวดศีรษะประมาณ 1 ชั่วโมง นอกจากนั้นจะมีอาการเหมือน migraine without aura