โรงเรียนวัดน้อยนพคุณเปิดการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาดังนี้
ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 เปิดการสอนภาคปกติ จำนวน 8 ห้องเรียน และภาคภาษาอังกฤษ(Mini English Program) 1 ห้องเรียน
ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 เปิดการสอนภาคปกติ จำนวน 8 ห้องเรียน และภาคภาษาอังกฤษ(Mini English Program) 1 ห้องเรียน
ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 เปิดการสอนภาคปกติ จำนวน 7 ห้องเรียน
ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 เปิดการสอนแผนวิทย์-คณิต 1 ห้องเรียน ศิลป์-คำนวณ 1 ห้องเรียน ศิลป์-ญี่ปุ่น 1 ห้องเรียน ศิลป์-ฝรั่งเศส 1 ห้องเรียน
ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5 เปิดการสอนแผนวิทย์-คณิต 1 ห้องเรียน ศิลป์-คำนวณ 1 ห้องเรียน ศิลป์-ภาษา 1 ห้องเรียน ศิลป์-สังคม 1 ห้องเรียน
ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 เปิดการสอนแผนวิทย์-คณิต 1 ห้องเรียน ศิลป์-คำนวณ 1 ห้องเรียน ศิลป์-ภาษา 1 ห้องเรียน ศิลป์-สังคม 1 ห้องเรียน