โรงเรียนวัดน้อยนพคุณมีผลงานที่โดดเด่น ดังนี้
1.ได้รับรางวัลโรงเรียนดีเด่น กรมสามัญศึกษา ปี 2536
2.โรงเรียนวัดน้อยนพคุณมีชื่อเสียงอย่างมากในกีฬาบาสเก๊ตบอล และในปี 2552 ทีมบาสเกตบอลหญิงโรงเรียนวัดน้อยนพคุณ คว้าแชมป์ บาสเกตบอล3.สปอนเซอร์ไทยแลนด์ รอบคัดเลือกภาคนครหลวง ปี 2552 รุ่นอายุ 13 15 และ 18 ปี ครบทั้ง 3 รุ่น
4.โรงเรียนวัดน้อยนพคุณได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนคุณธรรมชั้นนำจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากรุงเทพมหานครเขต 1 ในปี 2550
5.ได้รับรางวัลองค์กรเยาวชนดีเด่นในการป้อกกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด ปี 2552 จากนายกรัฐมนตรี
6.ได้รับรางวัลต้นแบบ ห้องสมุดมีชีวิต ปี 2551 จาก สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากรุงเทพมหานครเขต 1
7.โครงการพระราชทาน “ธนาคารขยะรีไซเคิล สายใยรักแห่งครอบครัว” โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ ได้รับรางวัล ยกย่องเป็นกิจกรรมดีเด่นในการพัฒนาคุณธรรม จริยธรรม จาก สพท.กทม. เขต ๑ ปี 2552
8.โครงการนาระบบ ICT มาใช้ในการจัดการเรียนการสอน ได้รับรางวัล โรงเรียนมีผลงานที่แสดงถึงวิธีปฏิบัติที่ดี (good practice) จาก สพฐ. ปี 2550
9.โครงการระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน ได้รับรางวัล สถานศึกษาระดับมัธยมศึกษา ขนาดกลาง ที่มีผลการดาเนินงานระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียนดีเด่น จาก สพท.กทม. เขต ๑ปี 2548
10.ได้รับรางวัล โรงเรียนแกนนาจัดการเรียนร่วมที่ประสบความสาเร็จในด้านบริหารจัดการ จาก สพฐ. ปี 2551
11.ได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษา จาก สมศ. จากการประเมินรอบ 2 ปี 2552
12.ครูอโณทัย ฤกษ์ประกอบ ได้รับรางวัล ครูแนะแนวดีเด่นระดับมัธยมศึกษา จาก กระทรวงแรงงาน ปี 2552
13.ครูนวลจันทร์ ศรีโสธร ได้รับรางวัลครูกลุ่มสาระฯการงานอาชีพดีเด่น จาก คุรุสภา ปี 2552
14.นางบุญศรี ทรัพย์เวชการ รางวัลครูภาษาไทยหัวใจพัฒนา เนื่องในงานวันภาษาไทยแห่งชาติ ปี ๒๕๕๒ จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และสานักงานเขตพื้นที่การศึกษากรุงเทพมหานคร เขต ๑
15.ครูพงษ์ศักดิ์ แก้วใจดี รางวัลผู้ฝึกสอน การแข่งขันกีฬา บาสเกตบอลสปอนเซอร์ ไทยแลนด์ แชมเปี้ยนชิพ ภาคนครหลวง จากสานักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานปี ๒๕๕๒
16.นายวรวิทย์ โสสุทธิ์ นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 ได้รับรางวัลชนะเลิศ การประกวดเรียงความ เรื่อง “รักษ์ทาเนียบ รักษ์ประวัติศาสตร์ และ ชาติ ศาสน์ กษัตริย์” จาก สานักนายกรัฐมนตรี ปี ๒๕๕๒
17.นักเรียนได้รับรางวัลชนะเลิศระดับเหรียญทอง ในการแข่งขัน กิจกรรมการทาอาหารคาว ( อาหารจานเดียว ) อาหารหวานเพื่อสุขภาพงาน ศิลปหัตถกรรมนักเรียน ระดับชาติ “ เก่งสร้างชาติ ” Our Best For Thailand ปี ๒๕๕๒ ได้รับมอบ ถ้วยรางวัลจาก นายจุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรศึกษาธิการ
18.ได้รับรางวัลชนะเลิศระดับเหรียญทอง ในการแข่งขัน กิจกรรมการทาอาหารคาว ( อาหารจานเดียว ) อาหารหวานเพื่อสุขภาพงาน ศิลปหัตถกรรมนักเรียน ระดับชาติ “ เก่งสร้างชาติ ” Our Best For Thailand ปี ๒๕๕๒ ได้รับมอบ ถ้วยรางวัลจาก นายจุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ
19.นายณัฐพง ดวงวงษา นางสาวสุดารัตน์ ทองอ่อนและนายวรวิทย์โสสุทธิ์ ได้รับยกย่องว่า มีความประพฤติดีงาม จากพุทธสมาคมแห่งประเทศไทย ปี 2551
20.นายกิตติภณ พิศาลวรกิจ และ น.ส.วิชชุดา วรเดชพิทักษ์ ได้รับรางวัลชนะเลิศการแข่งขัน ระดับเหรียญทอง กิจกรรมประกวดมารยาทงามอย่างไทย งานศิลปหัตถกรรมนักเรียน ปี 2551
21.นายวรวิทย์ โสสุทธิ์ ได้รับรางวัลชมเชยอับดับที่ 1 การแข่งขันเพชรยอดมงกุฎประวัติศาสตร์ ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ปี 2552
22.นางสาววรณัน กาญจนกันทร์ ได้รับการคัดเลือกเป็นตัวแทนประเทศไทย ไปงานชุมนุมลูกเสือแปซิฟิก ครั้งที่ 26 ปี 2552