โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ ตั้งขึ้นตามโครงการแก้ไขสถานการณ์เด็กไม่มีที่เรียนในจังหวัดพระนครธนบุรี สร้างขึ้นครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2504 ด้วยเงินงบประมาณของกระทรวงศึกษาธิการเป็นเงิน 300,000 บาท (สามแสนบาทถ้วน) โดยมอบให้จังหวัดพระนคร เป็นผู้ดำเนินการก่อสร้างตามแบบสามัญ 004 ของกรมสามัญศึกษา จำนวน 1 หลัง 8 ห้องเรียน โดยทางวัดน้อยนพคุณได้มอบที่ดิน ของวัดเนื้อที่ 760 ตารางวา ให้เป็นที่สร้างอาคารเรียน เปิดสอนชั้นประถมศึกษาตอนปลาย รับนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 จำนวน 400 คน โดยจัดเป็นสหศึกษา และจัดสอนเป็นสองผลัด เริ่มเปิดเรียนวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2504 โดยมีนางสาวเทียบ สมานเชื้อ เป็นครูใหญ่คนแรก และ ฯพณฯ หม่อมหลวงปิ่น มาลากุล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการสมัยนั้นมาเป็นประธาน ในพิธีเปิดป้ายอาคารเรียนหลังแรกเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม 2504 จึงถือว่าวันที่ 11 สิงหาคม ของทุกปี เป็น วันรักโรงเรียน

ต่อมากระทรวงศึกษาธิการ ได้จัดสรรงบประมาณเพื่อจัดสร้างอาคารเรียนเพิ่มเติม ในปีการศึกษา 2505 จำนวน 1หลังในวงเงิน 350,000 บาท (สามแสนห้าหมื่นบาทถ้วน) และปีการศึกษา 2506 กระทรวงศึกษาธิการ ได้จัดสรรงบประมาณเพื่อจัดสร้างอาคาร เรียนตามแบบ 017 ของกรมสามัญศึกษาขึ้นอีก 1 หลัง ในวงเงิน 250,000 บาท (สองแสนห้าหมื่นบาทถ้วน) รวมเป็น 3 หลัง เพื่อขยายชั้นเรียนเพิ่มขึ้น โดยในปีการศึกษา 2507 สามารถจัดการศึกษา ตั้งแต่ระดับประถมศึกษาปีที่ 5 ถึง ประถมศึกษาปีที่ 7 จำนวน 24 ห้องเรียน และได้จัดการศึกษาในระดับประถมศึกษาจนถึงปีการศึกษา 2520 รวม 17 ปี

การเปลี่ยนแปลง

ปีการศึกษา 2507 นางเทียบ เกริกมธุกร ครูใหญ่คนแรกได้โอนไปรับราชการ ที่สภาการศึกษาแห่งชาติ ทางจังหวัดพระนครจึงแต่งตั้งนางสมจิตร ไพบูลย์สุวรรณ รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่แทน และได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ ่โรงเรียนวัดน้อยนพคุณเมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2508 การสอนดำเนิน มาจนถึงปีการศึกษา 2509 จึงเลิกสอนสองผลัด เปลี่ยนเป็นเรียนตลอดวันโดยใช้ ้ระบบหมุนเวียนนักเรียนไปตามห้องต่าง ๆ ในแต่ละชั่วโมง

ในปีการศึกษา 2515 นางสมจิตร ชลวณิช ครูใหญ่ได้ย้ายไปรักษาการในตำแหน่ง ครูใหญ่ โรงเรียนวัดชนะสงคราม และนางอารี ปิ่นบุญมา ครูใหญ่โรงเรียนวัดชนะสงครามมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ ปีการศึกษา 2516 จังหวัดพระนครให้โอน โรงเรียนในสังกัดกรมสามัญศึกษาที่เหลืออยู่19 โรง ไปสังกัดโรงเรียนประถมศึกษาส่วนกลาง โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ อยู่ในกลุ่ม โรงเรียนประถมศึกษาส่วนกลาง กลุ่ม 3 การสอนดำเนินมาจนถึงปีการศึกษา 2519 กรมสามัญศึกษามีนโยบายที่จะให้โรงเรียนประถมศึกษา เตรียมจัด การศึกษา เพื่อจะให้รับกับหลักสูตรใหม่ คือ 6 : 3 : 3 จึงอนุมัติให้เปิดชั้นประถม ศึกษาปีที่ 1 จำนวน 2 ห้องเรียน โดยลดชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ลง 2ห้องเรียน

ปีการศึกษา 2516 จังหวัดพระนครให้โอนโรงเรียนในสังกัดกรมสามัญศึกษาที่เหลืออยู่ 19 โรง ไปสังกัดโรงเรียนประถมศึกษาส่วนกลาง โรงเรียนวัดน้อยนพคุณอยู่ในกลุ่มโรงเรียนประถมศึกษาส่วนกลาง กลุ่ม 3 การสอนดำเนินมาจนถึงปีการศึกษา 2519 กรมสามัญศึกษามีนโยบายที่จะให้โรงเรียนประถมศึกษาเตรียมจัดการศึกษา เพื่อจะให้รับกับหลักสูตรใหม่ คือ 6 : 3 : 3 จึงอนุมัติให้เปิดชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 2 ห้องเรียน โดยลดชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ลง 2 ห้องเรียน

ในปี พ.ศ. 2520 กระทรวงศึกษาธิการมีนโยบายที่จะแปรสภาพโรงเรียนประถมศึกษาส่วนกลาง พิจารณาเห็นว่า ประชาชนมีความต้องการให้บุตรหลาน ได้มีโอกาสศึกษาต่อในระดับมัธยมศึกษามากขึ้น จนโรงเรียนมัธยมศึกษาที่มีอยู่ไม่อาจที่จะรับได้หมด และไม่สามารถขยายโรงเรียนมัธยมศึกษาได้เพียงพอต่อความต้องการได้ และในปีการศึกษา 2521 ได้มีการเปลี่ยนแปลงระบบการศึกษา เป็นระบบ 6 : 3 : 3 คือ จัดการเรียนการสอนในระดับประถมศึกษา 6 ปี ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น 3 ปี และระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย 3 ปี

ดังนั้น เพื่อรับสภาพการดังกล่าว กระทรวงศึกษาธิการจึงเห็นสมควรให้ขยายการศึกษาระดับมัธยมศึกษาสายสามัญให้ แพร่หลายยิ่งขึ้น โดยแปรสภาพโรงเรียนประถมศึกษา สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา จำนวนหนึ่งที่ตั้งอยู่ใน เขตเทศบาล และกรุงเทพมหานคร เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา สังกัดกองการมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ

ฉะนั้น อาศัยอำนาจตามความในข้อ 23 แห่งประกาศคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 216 ลงวันที่ 29 กันยายน 2515 กระทรวงศึกษาธิการ จึงประกาศจัดตั้ง โรงเรียนมัธยมศึกษา สังกัดกองการมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา เป็นการสอนตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น สายสามัญ รวม 129 โรงเรียน( โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ เป็นโรงเรียนลำดับที่ 126 ) ทั้งนี้ตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2520 ประกาศ ณ วันที่ 11 เมษายน 2520 ลงนามโดยนายภิญโญ สาธร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ

ดังนั้น ในปีการศึกษา 2520โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ จึงเปิดการสอนในระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 (ม.ศ. 1) จำนวน 2 ห้องเรียน มีนักเรียนชาย 29 คน นักเรียนหญิง 58 คน รวม 87 คน โดยมีนางอารี ปิ่นบุญมา อาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ (ประถมศึกษา) รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ( มัธยมศึกษา ) โดยไม่เปิดรับนักเรียนชั้นประถม ศึกษาตอนต้น

ปีการศึกษา 2521 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศยุบเลิกโรงเรียนประถมศึกษา สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา เพื่อรวมกับโรงเรียนมัธยมศึกษา จำนวน 22 โรงเรียน ซึ่งโรงเรียนวัดน้อยนพคุณเป็นหนึ่งในจำนวน 22 โรง ตั้งแต่วันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2521 และได้รับอนุมัติให้เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 (ม.1) จำนวน 4 ห้องเรียน เปิดสอนตามหลักสูตรใหม่ พุทธศักราช 2521 และในปีนี้เอง กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศยกเลิกโรงเรียนประถมศึกษา สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา ตั้งแต่วันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2521 ในปีนี้จึงมีการเปิดสอนดังนี้ระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 แบ่งเป็น ม.ศ. 1 จำนวน 4 ห้องเรียน, ม.1 จำนวน 4 ห้องเรียน และ ระดับมัธยมศึกษาปีที่ 2 (ม.ศ. 2) จำนวน 2 ห้องเรียน รวมกับชั้นประถมศึกษาเดิมคือ ป.3 จำนวน 2 ห้องเรียน และ ป.6 จำนวน 6 ห้องเรียน รวมทั้งสิ้น 18 ห้องเรียน

ในปีการศึกษา 2524 ไม่มีการเปิดสอนระดับมัธยมศึกษา (ม.ศ.) และในปีการศึกษา 2525 ไม่มีการเปิดสอนในระดับประถมศึกษา จึงมีการเปิดสอนเพียงม.1, ม.2 และ ม.3 รวมทั้งสิ้น 20 ห้องเรียน

ปีการศึกษา 2526 วัดน้อยนพคุณได้ให้โรงเรียนเช่าที่ดินซึ่งเป็น กรรมสิทธิ์ของวัดเพิ่มขึ้น รวมที่ดินของโรงเรียนที่ต้องเช่าจากวัดทั้งหมด จำนวน 2 ไร่ 2 งาน98 ตารางวา ซึ่งในปีการศึกษานี้โรงเรียนได้รับ งบประมาณจากกรมสามัญศึกษา สร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ 5 ชั้น พร้อมครุภัณฑ์ เป็นเงินทั้งสิ้น 13,349,000.- บาท (สิบสามล้านสามแสนสี่หมื่นเก้าพันบาทถ้วน)

การศึกษา 2527 โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ ได้รับอนุมัติจากกรมสามัญศึกษา ให้เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาปีที่ 4โดยใช้หลักสูตรใหม่ พุทธศักราช 2524 จำนวน 2 ห้องเรียนและโรงเรียนวัดน้อยนพคุณจึงเปิดทำการสอนครบทุกชั้น ตั้งแต่ มัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึง มัธยมศึกษาปีที่ 6 ในปีการศึกษา 2529

ปัจจุบันโรงเรียนวัดน้อยนพคุณอยู่ใต้การบริหารของผอ.ลัดดา จักษา