โลมาแม่น้ำอาราไกวยา มีชื่อท้องถิ่นว่า "โบตูดูอาราไกวยา" (boto do Araguaia)[1] จำแนกจากโลมาแม่น้ำแอมะซอน (I. geoffrensis) หรือโลมาสีชมพู ซึ่งเป็นโลมาแม่น้ำชนิดที่เป็นที่รู้จักกันดี เมื่อวันที่ 22 มกราคม 2557 โดยการศึกษาของทีมนักวิทยาศาสตร์ในประเทศบราซิล ลักษณะทั่วไปของโลมาแม่น้ำอาราไกวยาคล้ายคลึงกับโลมาแม่น้ำแอมะซอนมาก จนกระทั่งมีการตรวจสอบข้อมูลไมโครแซเทลไลท์นิวเคลียสและดีเอ็นเอไมโทคอนเดรียจากโลมาในแม่น้ำอาราไกวยาหลายสิบตัว เช่นเดียวกับความแตกต่างในสัณฐานของกะโหลกศีรษะ (โดยทั่วไป โลมาแม่น้ำอาราไกวยามีกะโหลกใหญ่กว่า) ก็ได้ข้อสรุปว่าโลมาดังกล่าวเป็นชนิดใหม่ นอกจากนี้ โลมาแม่น้ำอาราไกวยายังแตกต่างจากโลมาแม่น้ำแอมะซอนและโบลิเวียในด้านจำนวนฟัน (24–28 ซี่ 25–29 ซี่ และ 31–35 ซี่ตามลำดับ) เชื่อว่ามีวิวัฒนาการแยกออกมาจากโลมาแม่น้ำแอมะซอนราว 2 ล้านปีก่อน และจัดเป็นโลมาแม่น้ำชนิดแรกที่ค้นพบหลังจากปี 2461 เมื่อสงครามโลกครั้งที่ 1 ยุติ[2][1][3][4]

โลมาแม่น้ำอาราไกวยาพบกระจายพันธุ์ในแม่น้ำอาราไกวยาในประเทศบราซิล ซึ่งเป็นแม่น้ำที่ไหลไปทางเหนือเป็นระยะทาง 2,600 กิโลเมตร เพื่อไปรวมกับแม่น้ำแอมะซอน เชื่อว่ามีจำนวนประชากรในธรรมชาติราว 1,000 ตัว[1]