จำนวนประชากรของโลมาสายพันธุ์นี้มีประมาณ 600 - 1,500 ตัว และมีความหลากหลายทางพันธุกรรมที่จำกัด[2] แหล่งที่อยู่อาศัยของโลมาแม่น้ำอาราไกวยาถูกนำไปใช้ในกิจกรรมทางการเกษตร รวมไปถึงการสร้างเขื่อนในการผลิตกระแสไฟฟ้า โดยปกติแล้วโลมาแม่น้ำอาราไกวยาจะอยู่อาศัยในบริเวณแม่น้ำอาราไกวยาประมาณ 1500 กิโลเมตร จากความยาวแม่น้ำทั้งสิ้น 2110 กิโลเมตร ส่วนในบริเวณแม่น้ำโตคานติน โลมาแม่น้ำอาราไกวยาจะถูกแบ่งแหล่งที่อยู่อาศัยออกเป็น 6 ส่วนโดยเขื่อนทั้งสิ้น 6 แห่ง ส่งผลให้ประชากรโลมาชนิดนี้อยู่ในภาวะอันตราย[2] ส่งผลให้มีผู้เสนอให้จัดโลมาแม่น้ำอาราไกวยาเป็นสิ่งมีชีวิตที่เกือบอยู่ในข่ายใกล้การสูญพันธุ์หรือสถานะที่แย่กว่านั้นตามหลักเกณฑ์การจัดของสหภาพนานาชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติและทรัพยากรธรรมชาติ[2]

ประชากรโลมาแม่น้ำอาราไกวยาส่วนใหญ่อาศัยอยู่รอบ ๆ Cantão State Park ซึ่งมีทะเลสาบเป็นส่วนมากของลุ่มแม่น้ำอาราไกวยา อย่างไรก็ตามชาวประมงในบริเวณนั้นมักฆ่าโลมาชนิดนี้ เนื่องจากโลมาชนิดนี้มักเข้ามากินปลาในแหของชาวประมง การยิงปืนใส่โลมาชนิดนี้เป็นเรื่องที่ปฏิบัติกันโดยทั่วไป แต่ส่วนใหญ่แล้วการยิงปืนมักทำให้เจ้าหน้าที่ของอุทยานได้ยิน ทำให้ชาวประมงบางคนนิยมใช้อาหารมีพิษเพื่อให้โลมาชนิดนี้กิน ประชากรโลมาที่อยู่ทางตอนใต้ที่สุดเป็นประชากรโลมากลุ่มเล็ก ๆ ที่อาศัยอยู่แยกออกจากกัน ซึ่งเป็นโลมาในเขตแม่น้ำโตคานตินเหนือเขื่อน Serra da Mesa[5]