ผู้ป่วยที่สงสัยป่วยไข้กาฬหลังแอ่นควรได้รับการรักษาทันทีโดยไม่ต้องรอผลการตรวจทางห้องปฏิบัติการ โดยหน่วยบริการปฐมภูมิมักฉีด benzylpenicillin เข้ากล้ามเนื้อ และส่งผู้ป่วยไปยังหน่วยบริการระดับสูงกว่าต่อไป เมื่อถึงโรงพยาบาลแล้วผู้ป่วยมักได้ยาปฏิชีวนะเข้าทางหลอดเลือดดำ ส่วนใหญ่เป็น cephalosporin รุ่นที่ 3 เช่น ceftriaxone หรือ cefotaxime ทั้งนี้ benzylpenicillin และ chloramphenicol ก็ได้ผลเช่นกัน นอกจากนี้ยังควรได้รับการรักษาประคับประคองอื่นๆ ตามความเหมาะสม เช่น การให้สารน้ำทางหลอดเลือดดำ การให้ออกซิเจน การให้ยากระตุ้นความดันเลือด เช่น dopamine หรือ dobutamine รวมทั้งการรักษาภาวะความดันในกะโหลกศีรษะขึ้นสูง ผู้ป่วยบางรายอาจควรได้รับการรักษาด้วย steroid แต่ยังไม่มีข้อมูลสนับสนุนว่าจะมีผลดีในระยะยาว