การตายของไซโงได้ทำให้เกิดตำนานมากมายที่ปฏิเสธเรื่องการเสียชีวิตของเขา คนญี่ปุ่นจำนวนมากหวังว่าเขาจะเดินทางกลับมาจากบริติชราช (อินเดีย) หรือประเทศจีน หรือล่องเรือกลับมาพร้อมกับซาร์เรวิชอเล็กซานเดอร์แห่งรัสเซียเพื่อขจัดความอยุติธรรมภายในประเทศ มีแม้กระทั่งบันทึกกล่าวว่าภาพของไซโงได้ปรากฏอยู่บนดาวหางในช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 อันเป็นลางร้ายแก่พวกศัตรูของเขา

ความรักเคารพของประชาชนญี่ปุ่นที่มีต่อไซโง ซึ่งถูกนับถือว่าเป็นตัวอย่างที่ดีของผู้ธำรงไว้ซึ่งจริยธรรมของซามูไร ทำให้รัฐบาลยุคเมจิไม่อาจฝืนกระแสมหาชน และได้ทำการอภัยโทษย้อนหลังให้เขาเมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1889