ก่อนหน้านั้นไบรโอซัวได้ถูกจำแนกออกเป็นสองกลุ่มย่อยคือ เอคโตพรอคต้าและเอนโตพรอคต้า โดยอาศัยผังลำตัวที่เหมือนกันและอาศัยรูปแบบการดำเนินชีวิตของไบรโอซัวทั้งสองกลุ่ม (นักวิจัยบางคนได้เพิ่มซายคลิโอพอราเข้าไปด้วยโดยคิดกันว่ามีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับกลุ่มของเอนโตพรอคต้า) อย่างไรก็ตามกลุ่มของเอคโตพรอคต้าเป็นพวกซีโลเมต (มีลำตัวกลวง) และตัวอ่อนจะผ่านไปตามรอยแยกตามแนวรัศมี ขณะที่กลุ่มของเอนโตพรอคต้าเป็นพวกอะซีโลเมต (ลำตัวไม่กลวง) โดยตัวอ่อนจะผ่านไปตามรอยแยกที่ขดม้วน การศึกษาทางโมเลคคิวล่ายังมีความคลุมเครือเกี่ยวกับตำแหน่งที่แน่นอนของกลุ่มเอนโตพรอคต้า แต่ก็ไม่ได้สนับสนุนว่ามีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับพวกเอคโตพรอคต้า ด้วยเหตุผลนี้พวกเอนโตพรอคต้าได้ถูกพิจารณาให้เป็นไฟลั่มหนึ่งต่างหาก การแยกไบรโอซัวจำนวน 150 ชนิดของกลุ่มเอนโตพรอคต้าทำให้ไบรโอซัวเป็นชื่อพ้องกับเอคโตพรอคต้า นักวิจัยบางคนยอมรับชื่อหลังนี้ให้เป็นชื่อของกลุ่ม ขณะที่ส่วนใหญ่ยังคงใช้ชื่อเดิม