ซากดึกดำบรรพ์ของไบรโอซัวที่มีลักษณะคล้ายกิ่งไม้ยุคออร์โดวิเชียนตอนบน ใกล้บรูควิลล์ อินเดียน่าPrasopora เทรโปสโตมไบรโอซัวยุคออร์โดวิเชียน จากไอโอวาภาพตัดขวางของ Prasopora แสดง "brown bodies" ในซูอีเชียจำนวนมาก ยุคออร์โดวิเชียน ไอโอว่าไบรโอซัวในหินน้ำมันยุคออร์โดวิเชียน ทางตอนเหนือของเอสโตเนีย

ซากดึกดำบรรพ์ไบรโอซัวถูกพบในช่วงแรกๆของหินยุคออร์โดวิเชียนตอนล่างซึ่งถือได้ว่าเป็นส่วนหนึ่งของช่วงขยายเผ่าพันธุ์ครั้งใหญ่ในยุคออร์โดวิเชียน ไบรโอซัวที่พบเป็นองค์ประกอบหลักของชุมชนพื้นท้องทะเลยุคออร์โดวิเชียนเหมือนกับที่พบในปัจจุบันซึ่งเป็นปัจจัยสำคัญที่ทำให้พื้นตะกอนใต้ท้องทะเลมีความเสถียรมั่นคง และยังเป็นแหล่งอาหารสำหรับสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่บนพื้นทะเลนั้นด้วย ในช่วงอนุยุคมิสซิสซิปเปียน (354 ถึง 323 ล้านปีมาแล้ว) ไบรโอซัวถือว่าเป็นสิ่งที่พบเห็นได้โดยทั่วไป เศษชิ้นส่วนที่แตกหักจะพบได้ทั่วไปในชั้นหินปูน มีรายงานการบรรยายซากดึกดำบรรพ์ไบรโอซัวมากกว่า 1,000 ชนิด เป็นไปได้ว่ามีไบรโอซัวแล้วตั้งแต่ยุคแคมเบรียนแต่มีลำตัวอ่อนได้สลายตัวไปหมดและไม่ถูกเก็บรักษาไว้เป็นซากดึกดำบรรพ์ หรือบางทีไบรโอซัวอาจวิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษที่มีลักษณะคล้ายโฟโรนิดในช่วงดังกล่าวก็ได้

ไบรโอซัวเป็นสมาชิกที่สำคัญของชุมชนสเคอโรไบอันส์ (สิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่บนพื้นผิวที่แข็งอย่างเช่น เปลือกหอยและหิน) ทั้งจากหลักฐานซากดึกดำบรรพ์และจากที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน (Taylor and Wilson, 2003)

ซากดึกดำบรรพ์ไบรโอซัวทั้งหมดมีเศษโครงสร้างแข็งที่ถูกเชื่อมประสานด้วยเนื้อแร่ โครงสร้างแข็งที่เป็นที่อยู่ของซูอิดมีความแปรผันในรูปร่างจากรูปร่างคล้ายท่อไปจนถึงมีรูปร่างคล้ายกล่องที่มีส่วนปลายของช่องปากที่โลโฟพอร์ยื่นโผล่ออกไปหาอาหาร แต่หลักฐานจากโครงสร้างแข็งแสดงให้เห็นว่าชั้นเซลล์ด้านนอกที่ห่อหุ้มซูอิด (epithelia) มีความต่อเนื่องจากซูอิดหนึ่งไปที่ซูอิดถัดไป

เมื่อมาดูที่ซากโครงสร้างแข็งของไบรโอซัวที่ไม่มีแร่เชื่อมประสาน พบสเตโทบลาสต์ของไบรโอซัวน้ำจืด ไฟลาโตลีแมตทิส .ในซากดึกดำบรรพ์ที่เก่าแก่ที่สุดถึงยุคเพอร์เมียน และซากดึกดำบรรพ์ของซีโนสโตมที่เก่าแก่ที่สุดเพียงยุคไทรแอสซิก

สิ่งที่มีความสำคัญมากอันหนึ่งในระหว่างวิวัฒนาการของไบรโอซัวก็คือการได้มาซึ่งโครงสร้างของสารเนื้อปูนและการเปลี่ยนแปลงที่เกี่ยวข้องกับกลไกลการยื่นตัวออกมาของชุดหนวด ความไม่ยืดหยุ่นของผนังลำตัวด้านนอกได้เพิ่มระดับการประชิดกันของซูอิดทั้งหลายเป็นอย่างมาก และมีการวิวัฒนาการเป็นรูปแบบมัลติซีเรียลโคโลนีเพิ่มขึ้นอย่างมาก