ไพบูลย์ วัฒนศิริธรรม สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี ด้านเศรษฐศาสตร์ จากมหาวิทยาลัย Hull ประเทศอังกฤษ เมื่อปี พ.ศ. 2510 ต่อมาได้ศึกษาจนสำเร็จการศึกษาหลักสูตร SEANZA Central Banking Course ในปี พ.ศ. 2517 และหลักสูตร Australian Management College Mount Eliza : Advanced Management Course ในปี พ.ศ. 2521

ในปี พ.ศ. 2528 สำเร็จการศึกษาหลักสูตร Wharton School of Finance – Philadelphia National Bank : Advanced Management Program for Overseas Bankers ต่อมาในปี พ.ศ. 2534 ผ่านการศึกษาจาก Institute of Development Research : Asian NGO Leadership Fellows Program และ พ.ศ. 2539 สถาบันพระปกเกล้า หลักสูตรการเมืองการปกครองในระบอบประชาธิปไตยสำหรับนักบริหารระดับสูง (ปปร.) รุ่นที่ 1

ไพบูลย์ ได้รับปริญญากิตติมศักดิ์ ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (สาขาเศรษฐศาสตร์) จากมหาวิทยาลัยธุรกิจบัณฑิตย์ ในปี พ.ศ. 2545 และปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (สาขาการพัฒนาชุมชน) จากมหาวิทยาลัยราชภัฏนครศรีธรรมราช ในปี พ.ศ. 2548