ระบบเกมของภาค III นี้ระบบหลักของเกมจะคล้ายคลึงกับระบบของ ไฟนอลแฟนตาซี I และ ไฟนอลแฟนตาซี II ที่ระบบการต่อสู้จะผลัดกันโจมตีคนละหนึ่งตากับทางศัตรู ระบบการเลือกอาวุธและเครื่องป้องกันสำหรับผู้เล่นการใช้เวทมนตร์ร่วมต่อสู้จะเหมือนเดิม ส่วนความสามารถในการเลือกอาชีพของตัวละครพัฒนาขึ้นมาซึ่งแตกต่างจากภาค I ที่อาชีพตัวละครจะมีให้เลือกตอนต้นเกมและไม่สามารถเปลี่ยนแปลงได้ โดยภาค III นี้ ตัวละครสามารถเปลี่ยนอาชีพได้ตลอดเวลาปรับเปลี่ยนตามรูปแบบการผจญภัยในที่ต่างๆ ระบบการเพิ่มประสบการณ์ในภาค III จะเป็นรูปแบบเดียวกับภาค I ซึ่งขาดหายไปในภาค II นั้นเอง โดยเมื่อระดับประสบการณ์ของตัวละครถึงจุดหนึ่ง ตัวละครจะมีการเพิ่มระดับตนเองทำให้มีความสามารถซึ่งรวมถึง พลังโจมตี พลังป้องกัน ความฉลาด เพิ่มขึ้น

เกมในภาค III เป็นเกมแรกที่มีการใช้เวทมนตร์เรียกสัตว์อสูรเข้ามาร่วมต่อสู้เป็นภาคแรก และมีใช้ต่อกันในอีกหลายภาคถัดมา อีกทั้งยังมี โมกลี ตัวละครเสริมที่ได้ปรากฏตัวเป็นครั้งแรก โดยที่สองตัวละครยอดนิยมนี้ยังได้ปรากฏตัวในไฟนอลแฟนตาซีอีกหลายภาคต่อมา