เกมไฟนอลแฟนตาซี III นั้น จะมีตัวละครหลักดำเนินเรื่องอยู่สี่คน ซึ่งเป็นเด็กกำพร้าจากหมู่บ้านอูรที่รับเลี้ยงโดนผู้เฒ่าโตปาปา (ในภาคของดีเอส จะมีเนื้อเรื่องเริ่มต้นแตกต่างกัน) เด็กน้อยสี่คนได้ไปวิ่งเล่นในถ้ำแห่งหนึ่งและได้พบกับคริสตัลแห่งสายลมภายในถ้ำ คริสตัลนั้นได้เล่าเรื่องเกี่ยวกับเหตุการณ์แผ่นดินไหวครั้งใหญ่ที่เกิดขึ้นรวมถึงเหตุการณ์ร้ายที่กำลังจะเกิดขึ้นในอนาคต พร้อมทั้งบอกกับเด็กน้อยว่าพวกเขาคือ "นักรบแห่งแสงสว่าง" ที่สามารถช่วยโลกพ้นภัยจากความมืดได้ ซึ่งเมื่อพวกเขาได้กลับไปที่หมู่บ้าน ได้ลาท่านนักบวชและแม่เลี้ยงและออกเดินทาง ระหว่างทางได้เจอกับ ซิด องค์หญิงซารา ที่ต้องการช่วยเหลือหมู่บ้านให้พ้นคนสาปของจอมมารจินน์ ภายหลังจากปราบจอมมารจินน์ลงจึงได้รู้ว่า มีจอมมารปีศาจซันเดซึ่งเป็นหัวหน้าของจินน์อีกทีนึง ต้องการทำลายล้างแสงสว่าง เหล่าผู้กล้าทั้งสี่จึงได้ออกเดินทางเพื่อตามหาซันเด ในระหว่างทางนั้นมีรูปปั้นยักษ์ทั้งสี่ขวางทางไปหาปราสาทของซันเด โดยจำเป็นต้องเก็บเขี้ยวแห่งพลัง ดิน น้ำ ลม ไฟ เพื่อใช้ในการป้องกันพลังของรูปปั้นยักษ์นั้น และเข้าต่อสู้กับซันเด