ระบบการเล่นของ ไฟนอลแฟนตาซี แทกติกส์ ภาคนี้จะแตกต่างจากเกม ไฟนอลแฟนตาซี ทั่วๆ ไป โดยเฉพาะในฉากต่อสู้ ในฉากตัวละครของฝ่ายเรากับฝ่ายศัตรูจะอยู่กันคนละฝั่ง และจะเดินไปหาฝ่ายตรงข้าม ความใกล้ไกลของระยะการเดิน ตลอดจนความเร็วในการที่จะได้เดินขึ้นอยู่กับความสามารถของตัวละครตัวนั้นๆ ทั้งจากความสามารถเฉพาะตัวและระบบอาชีพ การที่ตัวละครจะได้เดินใน 1 ครั้งนั้นขึ้นอยู่กับความเร็วในการสะสม CT เมื่อไรที่ Charge Time นั้นเต็ม ตัวละครก็พร้อมที่จะออกคำสั่งได้ ทุกๆ ครั้งที่ตัวละครกระทำการใดๆ ก็ตาม ตัวละครตัวนั้นจะได้รับค่าประสบการณ์ (EXP) และค่าอาชีพ (JP)

ในฉากต่อสู้ ผู้เล่นจะต้องมีระบบการวางแผนที่ดี วางลำดับในการกำจัดศัตรูและปกป้องพวกพ้อง การโจมตีทางกายภาพส่วนมากจะมีผลเฉพาะตัวในระยะสั้นๆ ส่วนการใช้เวทมนตร์โจมตีส่วนมากจะมีผลในระยะไกล และโจมตีศัตรูได้พร้อมกันหลายๆ ตัวได้ แต่ว่าการจะใช้เวทมนตร์นั้นจะต้องมีการชาร์จเวลา (ท่องมนตร์) ก่อนที่คาถาจะสัมฤทธิ์ผล ในระหว่างนี้ตัวละครนั้นจะกระทำการอื่นใดอีกไม่ได้นอกจากการเดิน และจกตกเป็นเป้าโจมตีได้ง่ายเพราะค่าการป้องกันและเครื่องป้องกันต่างๆ จะไม่มีผลเต็มที่ในเวลาท่องคาถานี้ การขึ้นไปอยู่บนหน้าผาหรือที่สูงจะทำให้บางอาชีพเช่นนักยิงธนูได้เปรียบเพราะสามารถโจมตีลงมาจากระยะไกลได้ นอกจากนี้แล้วการโจมตีศัตรูที่มีจักรราศีเป็นคุณ-โทษต่อกันก็ยังมีผลต่อความรุนแรงในการโจมตีหรือรักษา สรุปคือทุกสิ่งทุกอย่างเป็นผลลัพธ์ซึ่งกันทั้งสิ้น

ข้อแตกต่างอีกอย่างของเกมนี้ก็คือระบบการสุ่มในการเจอศัตรู โดยทั่วไปในเกมไฟนอลแฟนตาซีภาคอื่นๆ นั้น เราจะพบศัตรูโดยการสุ่มแบบไม่รู้ตัว แต่ในเกมภาคนี้ ศัตรูจะปรากฏตัวเฉพาะในฉากที่กำหนดเท่านั้น คือจุดที่เป็นสีเขียวบนแผนที่ ศัตรูในฉากที่สุ่มออกมานั้นจะมีระดับ (Level) เดียวกับตัวละครของเรา (เหมือนกับในเกม ไฟนอลแฟนตาซี VIII) ในขณะที่ศัตรูตามเนื้อเรื่องจะถูกกำหนดระดับมาอย่างแน่นอนแล้ว เพราะฉะนั้นระดับประสบการณ์ที่สูงจึงจำเป็นสำหรับตัวละครในการต่อสู้กับศัตรูเหล่านี้ อาวุธและเครื่องป้องกันจะต้องมีประสิทธิภาพมากพอที่จะทำลายล้างหรือป้องกันด้วย

การเคลื่อนที่บนแผนที่ถูกจำกัดด้วยเนื้อเรื่องและเมืองที่ยังไม่ผ่านไป ฉากต่อสู้ก็สามารถเกิดขึ้นในเมืองต่างๆ ได้ตามเนื้อเรื่อง แต่หลังจากนั้นเมืองใดๆ ก็ตามจะไม่ถูกพบในฐานะฉากต่อสู้อีก ในเมืองเราสามารถฟังเรื่องราวต่างๆ ได้ใน "บาร์" ซื้อของได้ในร้านค้า และหาตัวละครเข้าร่วมทีมจากค่ายทหาร ในช่วงท้ายของเกม บางเมืองจะมีที่แปรหนังสัตว์ คือสามารถเปลี่ยนแปลงหนังสัตว์ที่เราเก็บมาได้ให้เป็นสิ่งของ มีอะไรให้ทำน้อยมากในฉากแผนที่ เพราะเนื้อเรื่องทั้งหมดอยู่ในฉาก

ระบบอาชีพ

ระบบการเปลี่ยนอาชีพสามารถเปลี่ยนได้โดยกด start และเลือกรายการที่ 2จะมีสมาชิกในทีมเราอยู่ กดตัวสามเหลี่ยมและเลือกอันที่ 3จะมีอาชีพให้เราเลือกโดยจะมีอยู่20อาชีพคือ

-ผู้ติดตาม (Squire)เป็นอาชีพเริ่มต้นก่อนที่จะพัฒนาไปสายอาชีพอื่น

-พ่อค้า (Chemist)มีความสามารถในการปายาต่างๆ ไม่ว่าจะเป็น ยาเพิ่ม Hp/Mp หรือ ยาแก้สถานะผิดปกติ ให้เพื่อนๆในทีม ถือเป็นกองหนุน ที่มีความจำเป็น ในช่วงต้นเกม

-นักดาบ (Knight)มีความสามารถในการทำลาย อาวุธ,อุปกรณ์สวมใส่ต่างๆ ของศัตรูได้อย่างถาวร และ ยังสามารถลดค่าสเตตัสศัตรูได้อีกด้วย

-นักธนู (Archer)สามารถโจมตีได้ระยะไกลได้ และสามารถประจุพลังทำให้การโจมตีแรงยิ่งขึ้น

-โจร (Thief)มีความสามารถในการขโมย ไม่ว่าจะเป็น อุปกรณ์สวมใส่ ,อาวุธ,เงิน,ค่า Exp.หรือ Jp ของศัตรูมาเป็นของเราได้

-นักเวทดำ (Wizard)สามารถใช้ มนตร์ดำ ซึ่งเป็นเวทมนตร์หมวด ทำลาย โจมตี และ สาปแช่ง สามารถโจมตีเป็นกลุ่มได้ ใช้ค่า Mp ในการร่าย

-นักบวช (Priest)สามารถใช้ มนตร์ขาว ซึ่งเป็นเวทมนตร์หมวด รักษา ฟื้นฟู ชุบชีวิต แก้สถานะผิดปกติ และ เสริมพลัง ใช้ค่า Mp ในการร่าย ถือเป็นกองสนับสนุนของทีม

-นักเวทกาลเวลา (Time Mage)สามารถใช้ มนตร์แห่งกาลเวลา ซึ่งจะสามารถควบคุบเวลาได้ ไม่จะทำให้เวลาช้าลง เร็วขึ้น หรือ หยุดเวลา มีผลต่อรอบ Turn ของตัวละคร

-ละครใบ้ (Mime)ไม่สามารถความคุมความสามารถของอาชีพนี้ได้ อาชีพจะลอกเลียนแบบความสามารถ การโจมตี การใช้เวทมนตร์ และ ทิศทาง ตามตัวละครอื่นๆไม่ว่าจะเป็นฝ่ายเราหรือศัตรู

-นินจา (Ninja)มีความสามารถใน การปาอาวุธ ใส่ศัตรู เช่น ดาวกระจาย มีด ดาบ ลูกระเบิด สร้างความเสียหายแก่ศัตรูในระยะไกล และความสามารถเด่นของอาชีพนี้คือ สามารถถืออาวุธ 2 มือได้ ทำให้การโจมตีในแต่ละครั้งเพิ่มเป็น 2 เท่า

-ซามูไร (Samurai)มีความสามารถในการ ดึงพลังของดาบ ออกมาได้ โดยความสามารถของดาบแต่ละเล่มจะไม่เหมือนกัน บางดาบสามารถโจมตีได้เป็นกลุ่ม สร้างสถานะผิดปกติ บางดาบสามารถเพิ่มพลัง และ เสริมพลัง ให้สมาชิกในทีมได้อีกด้วย ถือเป็นอาชีพที่เป็นได้ทั้ง ฝ่ายรุกและฝ่ายสนันสนุน

-นักคำนวณ (Calculator)สามารถนำความสามารถของสายอาชีพอื่นๆในตัว มาใช้ได้ โดยจะใช้การคำนวณจากค่า Lv หรือ Exp. มากำหนดเป้าหมาย ถือเป็นอาชีพที่มีความสามารถที่ยุ่งยากมาก

-นักเต้น (Dancer)[หญิง]มีความสามารถในการ เต้นรำ ซึ่งจะเป็นการสร้าง สถานะผิดปกติ ให้แก่ศัตรูทุกๆตัวในแผนที่

-นักกวี (Bard)[ชาย]มีความสามารถในการ ร้องเพลง ซึ่งจะเป็นการ ฟื้นฟูพลัง เสริมพลัง ให้แก่ทุกคนในทีม

-ผู้ใช้ธรรมชาติ (Geomancer)ความสามารถของอาชีพนี้จะเปลี่ยนไปตามสภาพแวดล้อม ณ.จุดที่ตัวละครยืนอยู่ โดยจะเป็นการยืมพลังจากธรรมชาติมาใช้ เช่น ถ้าตัวละครยืนอยู่ในน้ำอาจจะใช้เวทมนตร์เรียกน้ำมาโจมตี เวทมนตร์บางอย่างสามารถก่อให้เกิดสถานะผิดปกติได้

-นักรบมังกร (Lancer)มีความสามารถในการ กระโดดโจมตี ในระยะไกล โดยเมื่อโดดขึ้นไปนั้นตัวละครจะหายไปจากฉากทำให้ไม่ตกเป็นเป้าการโจมตีได้ และยังใช้อาวุธประเภทหอกสามารถโจมตีได้ระยะสองช่องรอบตัว

-เทพพยากรณ์ (Oracle)สามารถใช้ มนตร์ตรา หยิน-หยาง สร้างสถานะผิดปกติต่างๆแก่ศัตรูเป็นกลุ่ม

-ผู้อัญเชิญ (Summoner)สามารถใช้ มนตร์อัญเชิญ เรียกสัตว์เทพต่างๆออกมาได้ มีความสามารถทั้ง โจมตีเป็นธาตุต่างๆ ฟื้นฟู เสริมพลัง ใช้ค่า Mp ในการร่าย ถือเป็นอาชีพที่เป็นได้ทั้งฝ่ายรุกและสนับสนุน

-พระ (Monk)ใช้หมัดในการโจมตี มีความสามารถหลากหลาย เหมาะแก่การลุยเดี่ยว มีพลังในการโจมตีสูงสุด

-นักเจรจา (Mediator)มีความสามารถในการ พูด เจรจา ไม่ว่าจะ ทำให้ศัตรูมาเป็นพวกเดียวกัน สั่งให้ศัตรูไปตาย พูดปลุกใจคนในทีม