25 ตุลาคม พระบาทสมเด็จประปกเกล้าฯมีพระราชกระแสจากพระตำหนักเขาน้อย จังหวัดสงขลา แนะนำให้รัฐบาลประกาศอภัยโทษให้แก่ผู้ร่วมก่อการจลาจลตลอดจนนายทหารและบุคคลที่ไม่ใช่หัวหน้าหรือคนสำคัญในการกระทำครั้งนี้เสียโดยเร็ว แต่ถูกแต่รัฐบาลปฏิเสธโดยอ้างหลักการที่ว่าจำต้องดำเนินคดีให้ถึงที่สุดเสียก่อน

29 ตุลาคม รัฐบาลจัดตั้งศาลพิเศษขึ้นพิจารณาพิพากษาคดีเกี่ยวกับการกบฏและจลาจล คำพิพากษาถือเป็นเด็ดขาดไม่มีอุทธรณ์ฎีกา มีผู้ถูกจับกุมกว่าหกร้อยคน มีการส่งฟ้อง 318 คน ใช้เวลาพิจารณาความนานนับปี พบว่ามีความผิดต้องโทษ 296 คน ในจำนวนนี้ต้องโทษประหารชีวิต 6 คน จำคุกตลอดชีวิต 244 คน[24] อย่างไรก็ตาม พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าทรงปฏิเสธการลงพระนามให้ประหารชีวิตตามคำพิพากษา จึงนำตัวไปประหารไม่ได้

รัฐบาลได้จัดให้มีรัฐพิธีให้แก่ผู้เสียชีวิตทั้ง 17 คนคราวปราบกบฏบวรเดช ในการนี้ได้ทำหนังสือขอพระราชานุญาติใช้พื้นที่สนามหลวงในการประกอบพิธี พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าฯปฏิเสธทันที ทรงรับสั่งให้ไปใช้สถานที่อื่น แต่รัฐบาลยังคงยืนกรานที่จะใช้พื้นที่สนามหลวง ทำให้พระองค์ยินยอมตามนั้น รัฐบาลจัดสร้างเมรุชั่วคราวสนามหลวง ซึ่งเดิมพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวไม่ทรงยินยอมให้ใช้พื้นที่ทุ่งพระเมรุนี้ แต่ทางคณะราษฎรยืนกรานที่จะสร้างเมรุชั่วคราวบนทุ่งพระเมรุ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าจึงต้องทรงยินยอม แต่ระบุถ้อยคำด้วยท่วงทำนองว่า "ทรงไม่ขัดข้อง แต่ขอให้เป็นที่เข้าใจว่า พระราชดำริในเรื่องนี้เป็นไปอีกอย่างหนึ่ง"[25] นี่ถือเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ที่มีการจัดพิธีศพสามัญชนบนท้องสนามหลวง ซึ่งก่อนหน้านั้นจะใช้เป็นที่ประกอบพิธีสำหรับเชื้อพระวงศ์เท่านั้น[26]

สามปีให้หลังในวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2479 ได้มีพิธีเปิดอนุสาวรีย์ปราบกบฏหรือ “อนุสาวรีย์พิทักษ์รัฐธรรมนูญ” ที่บริเวณหลักสี่ บางเขน ซึ่งเป็นหนึ่งในพื้นที่สู้รบ เพื่อเป็นอนุสรณ์ระลึกถึงเหตุการณ์ปราบกบฏบวรเดชเพื่อพิทักษ์รัฐธรรมนูญ แต่ปัจจุบันนิยมเรียกชื่อเพียงตามแหล่งที่ตั้งว่า “อนุสาวรีย์หลักสี่”[25]

ภายหลังการสละราชสมบัติและเข้าสู่รัชกาลใหม่ รัฐบาลได้ทูลขอพระราชทานอภัยโทษจากประหารชีวิตเป็นจำคุกตลอดชีวิต และจากจำคุกตลอดชีวิตเป็นถูกเนรเทศไปเกาะตารุเตาในปีพ.ศ. 2482[27] ต่อมาได้มีการปล่อยตัวบรรดาผู้ได้รับโทษกรณีกบฏบวรเดชทั้งหมดออกจากเรือนจำพ.ศ. 2487 ซึ่งเป็นผลจากการนิรโทษกรรมโดยคณะรัฐมนตรีชุดพันตรีควง อภัยวงศ์