กรณีพิพาทเรื่องอาณาเขต (อังกฤษ: territorial dispute) เป็นการที่องค์กรซึ่งเป็นรัฐชาติตั้งแต่สององค์กรหรือกว่านั้นขัดแย้งกันเรื่องการครอบครองอาณาเขต หรือเป็นความขัดแย้งจากการที่รัฐเกิดใหม่หรือผู้เข้ายึดครองอ้างว่า ดินแดนใด ๆ เป็นอาณาเขตของตน เพราะตนได้ดินแดนนั้นมาจากรัฐอื่น และตนไม่รับรองการมีอยู่ของรัฐอื่นนั้นอีก (รัฐอื่นนั้นกลายเป็นของตนแล้ว)กรณีพิพาทเรื่องอาณาเขตมักเกี่ยวข้องกับการครอบครองทรัพยากรธรรมชาติ เช่น แม่น้ำ ไร่สวนเรือกนาอันอุดมสมบูรณ์ หรือขุมน้ำมัน และอาจถูกขับเคลื่อนด้วยอุดมคติทางการเมือง วัฒนธรม ศาสนา หรือชาตินิยม ทั้งมักเป็นผลมาจากข้อความเคลือบคลุมในสนธิสัญญากำหนดอาณาเขตเดิมกรณีพิพาทเรื่องอาณาเขตยังเป็นสาเหตุหลักของสงครามและการก่อการร้าย เพราะรัฐทั้งหลายมักพยายามจะอ้างอำนาจอธิปไตยเหนือดินแดนใด ๆ โดยเข้ารุกรานดินแดนนั้น ขณะที่องค์กรซึ่งยังไม่เป็นรัฐชาติก็มักพยายามก่อการร้ายเพื่อสร้างอิทธิพลเหนือกิจกรรมทางการเมือง อย่างไรก็ดี กฎหมายระหว่างประเทศไม่สนับสนุนให้รัฐใช้กำลังผนึกดินแดนรัฐอื่นเข้าสู่รัฐตน เช่น กฎบัตรสหประชาชาติระบุว่า"ในการสัมพันธ์ระหว่างประเทศของตนนั้น ให้สมาชิกทั้งหลายงดเว้นจากการคุกคามหรือใช้กำลังต่อบูรณภาพแห่งอาณาจักรหรือต่อความเป็นเอกราชทางการเมืองของรัฐใด ๆ หรือด้วยอาการใดที่ไม่ชอบด้วยวัตถุประสงค์ของสหประชาชาติ""All Members shall refrain in their international relations from the threat or use of force against the territorial integrity or political independence of any state, or in any other manner inconsistent with the Purposes of the United Nations."บางครั้งเมื่ออาณาเขตไม่แน่ชัด คู่พิพาทอาจกำหนดเส้นควบคุม (line of control) ไว้เป็นเขตแดนระหว่างประเทศในทางนิตินัย เช่น กรณีอักไสชิน ช่องแคบไต้หวัน และกัศมีร์ แต่การกำหนดเส้นควบคุมนี้ แม้กระทำกันชัดเจนมั่นคง ก็ไม่มีผลเป็นการตกลงเขตแดนระหว่างประเทศโดยชอบธรรมในกรณีพิพาทเรื่องอาณาเขตนั้น ยังมีศัพท์บางศัพท์ คือ