ความขัดแย้งเกิดจากเหตุการณ์ก่อนลาวได้รับเอกราชได้แก่การรัฐประหารที่ล้มเหลวของเจ้าสุพานุวง การที่ม้งเข้าช่วยเหลือทหารฝรั่งเศสในเชียงขวางต่อต้านลาวและเวียดนาม และฝรั่งเศสให้สิทธิ์แก่ชาวม้งเทียบเท่าชาวลาว

ใน พ.ศ. 2489 ซึ่งเป็นจุดสิ้นสุดการยึดครองของญี่ปุ่น เจ้าเพชรราช เจ้าสุพานุวงและเจ้าสุวรรณภูมาได้จัดตั้งขบวนการเรียกร้องเอกราชเพื่อล้มล้างราชบัลลังก์ของพระเจ้าศรีสว่างวงศ์ ผู้ที่ต้องการให้ลาวอยู่ภายใต้การปกครองของฝรั่งเศสได้ในระยะเวลาสั้น ๆ ชาวม้งเข้าเป็นพันธมิตรใกล้ชิดของฝรั่งเศส ตูบี ลีฟุง ผู้นำคนสำคัญของชาวม้งได้รวมกองกำลังของชาวม้ง ฝรั่งเศสและลาวในการต่อสู้กับฝ่ายคอมมิวนิสต์ที่ประกอบด้วยชาวลาวและชาวเวียดนาม และช่วยเหลือตัวแทนฝรั่งเศสไว้ในหมู่บ้านระหว่างช่วงสงครามอินโดจีนครั้งที่หนึ่ง

เมื่อฝรั่งเศสถอนตัวออกจากอินโดจีน หลังจากพ่ายแพ้ในยุทธการเดียนเบียนฟู สหรัฐได้เข้ามาเกี่ยวข้องกับลาวมากขึ้นเพื่อต่อต้านคอมมิวนิสต์ในอินโดจีน สหรัฐเห็นลาวเป็นโดมิโนตัวหนึ่งในทฤษฎีโดมิโน กองทัพม้งนำโดยวังเปาที่มีสหรัฐสนับสนุนได้ป้องกันการรุกหน้าของขบวนการปะเทดลาวที่มีเวียดนามหนุนหลัง พวกเขาช่วยเหลือสหรัฐในเมืองลับของสหรัฐที่ล่องแจ้งซึ่งเป็นศูนย์กลางการทิ้งระเบิดในเวียดนามและลาว[6] ใน พ.ศ. 2518 เมื่อเวียดนามใต้ล่มสลายและไม่ได้รับการสนับสนุนจากสหรัฐ ขบวนการปะเทดลาวได้เข้าควบคุมประเทศ ชาวม้งที่เข้าร่วมในปฏิบัติการทางทหารถูกโดดเดี่ยว ขบวนการปะเทดลาวเริ่มการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ โดยมีการสังหารหมู่ วางระเบิด จัดค่ายสัมมนา และข่มขืนชาวม้งรูดอล์ฟ รุมเนลได้ประมาณว่าในการร่วมมือกับกองทัพประชาชนเวียดนาม มีชาวม้งถูกฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ราว 100,000 คน ระหว่าง พ.ศ. 2518 – 2523 ทำให้มีชาวม้งมากกว่า 350,000 คน อพยพไปยังสหรัฐและไทย

ชาวม้งที่ยังอยู่ในลาวมากกว่า 30,000 คนถูกส่งเข้าค่ายสัมมนาในฐานะนักโทษการเมือง มีการใช้แรงงานหนัก บางส่วนเสียชีวิต ชาวม้งราวพันคนส่วนใหญ่เป็นทหารเก่าและครอบครัวอพยพไปยังเขตภูเขาห่างไกลเช่น ภูเบี้ย กลุ่มนี้ยังคงโจมตีทหารของขบวนการปะเทดลาวและเวียดนาม บางส่วนหลบซ่อนเพื่อหลีกเลี่ยงความขัดแย้ง ในปัจจุบัน ชาวม้งในลาวส่วนใหญ่อยู่อย่างมีสันติภาพในหมู่บ้านและในเมือง มีชาวม้งกลุ่มเล็ก ๆ ซึ่งเป็นรุ่นที่ 2 หรือ 3 ของทหารที่เคยฝึกจากหน่วยสืบราชการลับของสหรัฐยังคงอยู่ตามพื้นที่ห่างไกลในลาวเพราะหวาดกลัวรัฐบาล ใน พ.ศ. 2546 ยังมีรายงานการโจมตีโดยกลุ่มเหล่านี้ แต่นักข่าวที่เข้าไปเยี่ยมพวกเขาในค่ายลับ กล่าวว่าพวกเขาหิวโหย เจ็บป่วยและขาดแคลนอาวุธ[7][8] และมักจะฆ่า ทำร้ายผู้หญิงและเด็ก[9]

เมื่อฝ่ายรัฐบาลยังตามล่า บางกลุ่มออกจากที่ซ่อน บางส่วนลี้ภัยมายังไทยและประเทศอื่น ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2552 กลุ่มผู้อพยพราว 4,500 คน ในค่ายผู้ลี้ภัยในไทยถูกบังคับให้กลับมายังลาว ชาวม้งบางส่วนอพยพไปแคลิฟอร์เนียหลังจากทหารสหรัฐถอนตัวไปจากเวียดนามและลาว