เมื่อวันที่ 22 มีนาคม ค.ศ. 1917 นิโคลัส ผู้มิได้เป็นพระมหากษัตริย์อีกต่อไป และได้ถูกทหารยามเรียกอย่างดูถูกว่า "นิโคลัส โรมานอฟ" กลับมารวมกับครอบครัวอีกครั้งที่พระราชวังอเล็กซานเดอร์ในซาร์สกอเย เซโล[7] เขาถูกขังไว้ในบ้านตามหมายกักกันของรัฐบาลเฉพาะกาลพร้อมกับครอบครัว สมาชิกราชวงศ์ถูกสอบสวนอย่างหยาบคายในคืนแรกที่นิโคลัสกลับมาถึงบ้าน ในคืนเดียวกันนั้น ได้มีทหารกลุ่มหนึ่งบุกรุกเข้าไปในหลุมศพของเกรกอรี รัสปูติน และยกศพที่กำลังเปื่อยเน่าขึ้นมาด้วยแท่งไม้ แล้วขว้างศพนั้นไปบนกองฟืนแล้วราดด้วยน้ำมัน ร่างนั้นถูกเผาเป็นเวลาหกชั่วโมงจนเถ้าถ่านลอยไปกับสายลม[7] อดีตซาร์ยังคงสงบและมีภูมิฐาน กระทั่งยืนกรานให้บุตรธิดามารับการสอนวิชาประวัติศาสตร์กับภูมิศาสตร์กับตนด้วย เขายังสนใจติดตามข่าวความเป็นไปของสงครามทางหนังสือพิมพ์อย่างกระตือรือร้น ซึ่งในนั้นก็มีทั้งวิธีที่สื่อปัจจุบันตีพิมพ์เรื่องราวอันน่าตื่นตกใจระหว่างรัสปูตินกับจักรพรรดินี "การสารภาพ" ของอดีตข้าราชบริพารและชีวิตส่วนตัวของผู้อ้างตนเองเป็น "คนรัก" ของธิดาของซาร์ทั้งสี่[8]

เดือนสิงหาคม ค.ศ. 1917 รัฐบาลเฉพาะกาลของอเล็กซานเดอร์ เคเรนสกี ย้ายสมาชิกราชวงศ์ไปยังโตโบลสก์ โดยอ้างว่าเพื่อปกป้องสมาชิกราชวงศ์จากกระแสการปฏิวัติที่เพิ่มสูงขึ้น พวกเขาอาศัยอยู่ในคฤหาสน์ของอดีตผู้ว่าการด้วยความสะดวกสบายพอสมควร หลังจากพรรคบอลเชวิคยึดอำนาจจากรัฐบาลสาธารณรัฐรัสเซียในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1917 สภาพการถูกคุมขังก็ได้เข้มงวดขึ้นและการอภิปรายเพื่อนำตัวนิโคลัสมาพิจารณาคดีมีบ่อยครั้งขึ้น นิโคลัสถูกห้ามสวมอินทรธนู และทหารยามวาดรูปลามกหวัด ๆ บนรั้วเพื่อล่วงเกินธิดาของเขา เมื่อวันที่ 1 มีนาคม ค.ศ. 1918 ราชวงศ์ถูกจัดให้ดำรงชีพด้วยอาหารปันส่วนของทหาร ซึ่งหมายถึงการแยกจากข้าราชบริพาร 10 คน และการยกเนยเหลวและกาแฟให้เป็นของฟุ่มเฟือย[9]

เมื่อบอลเชวิคมีกำลังกล้าแข็งขึ้น นำไปสู่การต่อต้านเต็มรูปแบบเมื่อถึงฤดูร้อน นิโคลัส อเล็กซานดรา และธิดา มาเรีย ถูกย้ายไปยังเยคาเทรินบุร์กในเดือนเมษายน อเล็กซีป่วยเกินกว่าจะร่วมเดินทางไปกับพ่อแม่และอยู่กับพี่สาว โอลกา ทาเทียนาและอนาสตาเซีย โดยไม่ออกจากโตโบลสก์จนกระทั่งเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1918 ราชวงศ์ถูกคุมขังโดยมีผู้ติดตามที่เหลืออยู่ไม่กี่คนในบ้านอีปาเตียฟในเยคาเทรินบุร์ก ซึ่งถูกเรียกว่าเป็น บ้านจุดประสงค์พิเศษ (รัสเซีย: Дом Особого Назначения)

พรรคบอลเชวิคต้องการนำตัวซาร์มาพิจารณาคดี แต่สถานการณ์แวดล้อมได้นำไปสู่การตัดสินใจอย่างรวดเร็วว่าจะสังหารราชวงศ์อย่างรวบรัด ราชวงศ์โรมานอฟถูกจับกุมโดยกองทัพแดงในเยคาเทรินบุร์ก เมื่อสงครามกลางเมืองดำเนินไปและกองทัพขาว (อันเป็นพันธมิตรของฝ่ายต่อต้านคอมมิวนิสต์อย่างหลวม ๆ) คุกคามที่จะยึดเมืองดังกล่าว ความกลัวที่ว่าราชวงศ์โรมานอฟจะตกอยู่ในการควบคุมของฝ่ายรัสเซียขาว ซึ่งพรรคบอลเชวิครับไม่ได้ด้วยเหตุผลสองประการคือ ซาร์หรือสมาชิกราชวงศ์สามารถถูกใช้เพื่อระดมการสนับสนุนอุดมการณ์ของฝ่ายขาว และอย่างที่สอง ซาร์หรือสมาชิกราชวงศ์คนใดหากซาร์เสียชีวิตแล้ว จะถูกชาติยุโรปอื่นพิจารณาว่าเป็นผู้ปกครองโดยชอบธรรมของรัสเซีย ซึ่งจะหมายความว่าผู้นั้นจะสามารถเจรจาให้ต่างชาติเข้าแทรกแซงมากขึ้นในนามของฝ่ายขาว ไม่นานหลังจากราชวงศ์ถูกประหารชีวิต เมืองก็ตกเป็นของฝ่ายรัสเซียขาว

วันที่ 16 กรกฎาคม ค.ศ. 1918 กองทัพเช็คกำลังรุกเข้าใกล้เยคาเทรินบุร์ก ซึ่งไม่ทราบมาก่อนว่าสมาชิกราชวงศ์รัสเซียกำลังถูกคุมขังอยู่ตามหมายกักกัน พรรคบอลเชวิคซึ่งเชื่อว่าทหารเช็คกำลังอยู่ในระหว่างภารกิจช่วยเหลือราชวงศ์รัสเซีย ตื่นตระหนกและประหารชีวิตยามรักษาการณ์ เหตุผลที่แท้จริงที่ทหารเช็คถูกส่งมายังเยคาเทรินบุร์กนั้นเพื่อป้องกันทางรถไฟทรานส์ไซบีเรีย ซึ่งฝ่ายขาวมีการควบคุมสมบูรณ์ สถานการณ์แวดล้อมมีผลอย่างมากต่อการประหารชีวิตราชวงศ์รัสเซีย[10]