ในเช้าวันรุ่งขึ้น เมื่อมีข่าวลือแพร่กระจายในเยคาเทรินบุร์กเกี่ยวกับจุดที่นำศพไปทิ้ง ทำให้ยูรอฟสกีเคลื่อนย้ายศพแล้วไปซ่อนไว้ที่อื่น (56°56′32″N 60°28′24″E / 56.942222°N 60.473333°E / 56.942222; 60.473333) เมื่อพาหนะซึ่งบรรทุกศพมาเกิดเสียกลางทางที่จะไปถึงจุดที่เลือกใหม่ ยูรอฟสกีก็ได้จัดการใหม่อีก โดยฝังร่างส่วนใหญ่ในหลุมที่ผนึกและอำพรางไว้ (56°54′41″N 60°29′44″E / 56.9113628°N 60.4954326°E / 56.9113628; 60.4954326) บนถนนคอพท์ยาคี ถนนลูกรังซึ่งปัจจุบันไม่ใช้แล้วห่างออกไป 19 กิโลเมตรทางเหนือของเยคาเทรินบุร์ก ร่างที่เหลืออยู่ของราชวงศ์และผู้ติดตาม ยกเว้นเด็กสองคน ถูกค้นพบในปี ค.ศ. 1991 และถูกฝังใหม่โดยรัฐบาลรัสเซียหลังจากมีการจัดรัฐพิธีศพ ส่วนร่างของเด็กสองคนนั้นถูกระบุเอกลักษณ์ในปี ค.ศ. 2008 มีการจัดพิธีการฝังแบบคริสต์ในปี ค.ศ. 1998 ศพถูกฝังอย่างสมเกียรติในวิหารเซนต์แคเธอรีนในมหาวิหารปีเตอร์และพอลในเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก อันเป็นที่ฝังพระศพของอดีตพระมหากษัตริย์รัสเซียตั้งแต่ซาร์ปีเตอร์มหาราช ประธานาธิบดีบอริส เยลต์ซิน และภริยาเข้าร่วมงานศพพร้อมด้วยผู้เกี่ยวข้องกับราชวงศ์โรมานอฟ รวมทั้งเจ้าชายไมเคิลแห่งเคนท์ ศาสนจักรออร์โธด็อกซ์ประกาศให้ราชวงศ์โรมานอฟเป็นนักบุญด้วยเช่นกัน

เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม ค.ศ. 2010 ศาลรัสเซียมีคำสั่งให้อัยการเปิดการสอบสวนการฆาตกรรมจักรพรรดินิโคลัสที่ 2 และราชวงศ์อีกครั้ง แม้ข้อเท็จจริงที่ว่า ทหารบอลเชวิคซึ่งเชื่อกันว่ายิงพวกเขาในปี ค.ศ. 1918 จะเสียชีวิตไปนานแล้วก็ตาม หน่วยสืบสวนหลักของอัยการสูงสุดรัสเซียว่า ทางหน่วยได้ปิดการสอบสวนทางอาญาต่อการสังหารจักรพรรดินิโคลัสไปแล้วอย่างเป็นทางการ เพราะเวลาล่วงเลยมานานแล้วนับตั้งแต่เกิดอาชญากรรม และผู้รับผิดชอบได้เสียชีวิตไปแล้ว อย่างไรก็ตาม ศาลบัสมันนีมีคำสั่งให้รื้อฟื้นคดีดังกล่าวขึ้นมาอีก โดยว่า ศาลสูงสุดซึ่งประณามรัฐว่าเป็นผู้ฆ่าทำให้การตายของมือปืนที่แท้จริงนั้นไม่เกี่ยวข้องกัน ตามทนายความของผู้สืบสกุลของซาร์และสำนักข่าวท้องถิ่น[17]

ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา มีหลายคนซึ่งอ้างว่าเป็นพระบรมวงศานุวงศ์โรมานอฟที่รอดชีวิต กระบวนการพิสูจน์เอกลักษณ์ของศพนั้นเป็นไปอย่างละเอียดถี่ถ้วน ตัวอย่างถูกส่งไปยังอังกฤษและสหรัฐอเมริกาเพื่อวิเคราะห์ดีเอ็นเอ ผลทดสอบสรุปว่า โครงกระดูกจำนวนห้าโครงเป็นสมาชิกของครอบครัวหนึ่งและอีกสี่โครงนั้นไม่เกี่ยวข้องกัน โครงกระดูกสามจากห้าโครงวิเคราะห์แล้วเป็นลูกของบิดามารดาคู่หนึ่ง แม่นั้นมีความเชื่อมโยงกับราชวงศ์อังกฤษ ซึ่งน่าจะเป็นจักรพรรดินีอเล็กซานดรา เจ้าชายฟิลิป ดยุคแห่งเอดินบะระ พระนัดดา (หลานชาย) ของพระเชษฐภคินี (พี่สาว) คนแรกสุดของอเล็กซานดรา เจ้าหญิงวิกตอเรียแห่งเฮสส์และไรน์ มีตัวอย่างดีเอ็นเอเข้ากันกับของโครงกระดูกนั้น ส่วนพ่อวิเคราะห์แล้วเกี่ยวข้องกับแกรนด์ดยุคจอร์จ อเล็กซานดราวิช พระอนุชา (น้องชาย) ของจักรพรรดินิโคลัสที่ 2 นักวิทยาศาสตร์อังกฤษกล่าวว่า พวกเขามั่นใจมากกว่า 98.5% ว่า โครงกระดูกนี้เป็นของซาร์ ราชวงศ์และผู้ติดตาม[18][19] เมื่อวันที่ 5 ธันวาคม ค.ศ. 2008 โครงกระดูกดังกล่าวได้รับการพิสูจน์เอกลักษณ์ขั้นสุดท้ายว่าเป็นของจักรพรรดินิโคลัสที่ 2 โดยนักวิทยาศาสตร์รัสเซียและอเมริกันโดยใช้การวิเคราะห์ดีเอ็นเอ[20]