พ.ศ. 2311 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี ให้เตรียมเรือและกำลังจะขึ้นไปตี เมืองพิษณุโลก ครั้นถึงฤดูน้ำนอง สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีก็เสด็จยกกำลังขึ้นไปทางเหนือเจ้าพิษณุโลกให้หลวงโกษา ยัง คุมกำลังมาตั้งรับบริเวณ ปากน้ำโพ เมื่อกองทัพสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีมาถึงก็ได้มีการรบพุ่งกัน สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีถูกปืนเข้าที่พระชงฆ์ (แข้ง) กองทัพกรุงธนบุรีจึงถอยกลับคืนพระนครเจ้าพิษณุโลกทราบข่าวก็ปราบดาภิเษกตัวเองขึ้นเป็นพระเจ้าแผ่นดินแต่อีก 7 วันต่อมาก็ถึงแก่พิราลัย[1] ชุมนุมพิษณุโลกก็อ่อนแอลง ไม่นานก็ถูกผนวกรวมกับชุมนุมเจ้าพระฝาง[2]

ต่อมา สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีโปรดให้จัดเตรียมกำลังเพื่อทำลายคู่แข่งทางการเมือง คือ กรมหมื่นเทพพิพิธ เจ้าแผ่นดิน "หุ่นเชิด"[3] ของชุมนุมเจ้าพิมาย กรมหมื่นเทพพิพิธสู้ไม่ได้ พระองค์จึงถูกนำตัวกลับมายังกรุงธนบุรี และทรงถูกประหารระหว่างเดือนตุลาคม-เดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2311[4]

ราวเดือน 4 พ.ศ. 2312 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีให้เจ้าพระยาจักรี (แขก) เป็นแม่ทัพใหญ่ คุมกำลัง 5,000 คน ยกไปตี เมืองนครศรีธรรมราช ทางบกเมื่อยกไปถึงท่าหมาก แขวงอำเภอลำพูน แม่ทัพธนบุรีไม่สามัคคี ตีค่ายชุมนุมเจ้านครศรีธรรมราชไม่พร้อมกันจึงเสียทีสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทราบและประเมินสถานการณ์แล้ว จึงเสด็จยกกองทัพเรือกำลัง 10,000 คน ยกลงไปช่วย ขึ้นบกแล้วเคลื่อนทัพต่อไปจนถึงเมืองไชยา ก่อนจะเข้าตีนครศรีธรรมราช ฝ่ายกองทัพเรือธนบุรีก็ไปถึงเช่นกันกองทัพกรุงธนบุรีจึงตีได้เมืองนครศรีธรรมราช

ในปี พ.ศ. 2313 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีก็ยกกองทัพขึ้นไปปราบชุมนุมเจ้าพระฝางตีได้เมืองพิษณุโลกแล้วตามไปตีเมือง สวางคบุรี เจ้าพระฝางสู้ไม่ได้จึงนับได้ว่าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีปราบปรามชุมนุมต่าง ๆ ลงอย่างราบคาบแล้ว