ยุคของการสงครามเรือดำน้ำเริ่มขึ้นในช่วงสงครามกลางเมืองอเมริกา โดยคริสต์ทศวรรษ 1860 เป็นช่วงเวลาของจุดเปลี่ยนหลายประการในแง่วิธีการต่อสู้ของการสงครามทางเรือ เรือรบประเภทใหม่จำนวนมากได้รับการพัฒนาเพื่อใช้ในสหรัฐและกองทัพเรือสมาพันธรัฐอเมริกา เรือดำน้ำอยู่ในหมู่เรือที่สร้างขึ้นใหม่ การจมเรือศัตรูลำแรกโดยเรือดำน้ำเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1864 เมื่อเรือดำน้ำสัมพันธมิตรเอช. แอล. ฮันลีย์ ซึ่งเป็นไพรเวเทียร์ ได้จมเรือรบสหรัฐ ฮูซาโทนิก ซึ่งเป็นเรือสลุป ในชาเลสตันฮาร์เบอร์ รัฐเซาท์แคโรไลนา จะอย่างไรก็ตาม หลังจากนั้นไม่นาน เอช. แอล. ฮันลีย์ ก็ได้จมลง ด้วยการสูญเสียลูกเรือทั้งหมดแปดคน