การสูญพันธุ์สมัยโฮโลซีน (อังกฤษ: Holocene extinction) บางครั้งเรียกว่า การสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ครั้งที่ 6 (sixth mass extinction) หรือ การสูญพันธุ์สมัยแอนโทรโปซีน (Anthropocene extinction) เป็น การสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ของสปีชีส์ที่ยังดำเนินอยู่ในสมัยโฮโลซีน (ในช่วงหลังบางครั้งเรียกว่าสมัยแอนโทรโปซีน) เพราะผลจากกิจกรรมของมนุษย์[3][4][5] โดยครอบคลุมถึงการสูญพันธุ์ของพืช[6] และสัตว์ในหลายวงศ์ เช่น สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก สัตว์เลื้อยคลาน สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก ปลา สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังจำนวนมาก เป็นต้น ด้วยความเสื่อมโทรมอย่างแพร่หลายของพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพสูงอย่างพืดหินปะการังหรือป่าฝน เชื่อกันว่าการสูญพันธุ์ส่วนใหญ่อาจ ไม่ได้รับการบันทึก เพราะสปีชีส์เหล่านั้นยังไม่ได้รับการค้นพบในช่วงที่มันสูญพันธุ์ หรือไม่มีใครรับรู้การสูญพันธุ์ของมัน อัตราการสูญพันธุ์ของสปีชีส์ในปัจจุบันได้รับการประเมินว่าสูงกว่าอัตราการสูญพันธุ์ที่มีภูมิหลังจากธรรมชาติประมาณ 100 ถึง 1,000 เท่า[4][7][8][9][10][11]การสูญพันธุ์สมัยโฮโลซีนรวมถึงการหายไปของบรรดาสัตว์บกขนาดใหญ่ที่รู้จักกันในชื่อ เมกาเฟานา (megafauna) ซึ่งเริ่มต้นตั้งแต่ยุคน้ำแข็งครั้งสุดท้ายสิ้นสุดลง เมกาเฟานาที่อยู่นอกแผ่นดินใหญ่ของแอฟริกาซึ่งไม่ได้มีวิวัฒนาการร่วมกับมนุษย์ได้รับการพิสูจน์ว่ามีความอ่อนไหวมากต่อการล่าเหยื่อแบบใหม่ และหลายสปีชีส์สูญพันธุ์ไปไม่นานหลังมนุษย์ยุคแรกเริ่มขยายเผ่าพันธุ์และล่าสัตว์ไปทั่วโลก[12][13] (สปีชีส์ในแอฟริกาหลายสปีชีส์สูญพันธุ์ไปในสมัยโฮโลซีน แต่เมกาเฟานาในแผ่นดินใหญ่ไม่ค่อยได้รับผลกระทบมากจนกระทั่งไม่กี่ร้อยปีที่ผ่านมา โดยมีกรณียกเว้นไม่กี่กรณี)[14] การสูญพันธุ์เหล่านี้เกิดขึ้นในช่วงรอยต่อระหว่างสมัยไพลสโตซีนกับสมัยโฮโลซีน บางครั้งจึงเรียกว่าการสูญพันธุ์ยุคควอเทอร์นารีทฤษฎีที่โด่งดังที่สุดคือ มนุษย์ล่าสปีชีส์เกินความจำเป็น แม้ว่าจะยังมีการโต้แย้งว่าการล่าเหยื่อของมนุษย์มีผลต่อการสูญพันธุ์มากเพียงใด แต่การลดลงของสปีชีส์จำนวนหนึ่งก็มีความสัมพันธ์กันโดยตรงกับกิจกรรมของมนุษย์ เช่น เหตุการณ์การสูญพันธุ์ในนิวซีแลนด์และฮาวาย นอกจากมนุษย์แล้ว การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศอาจเป็นปัจจัยขับเคลื่อนอย่างหนึ่งของการสูญพันธุ์ของเมกาเฟานาโดยเฉพาะในช่วงสิ้นสุดสมัยไพลสโตซีนในทางนิเวศวิทยานั้น มนุษย์ถือเป็น "ผู้ล่าเหยื่อขั้นสุดทั่วโลก" (global superpredator) ที่ไม่เคยปรากฏขึ้นมาก่อน[15] โดยมนุษย์ล่าผู้ล่าเหยื่ออันดับสูงสุด (apex predator) วัยผู้ใหญ่เป็นเหยื่อตลอดมาและส่งผลกระทบต่อโซ่อาหารทั่วโลก มีการสูญพันธุ์ของสปีชีส์ในผืนแผ่นดินและมหาสมุทรทุกแห่ง โดยมีตัวอย่างสำคัญอยู่ในแอฟริกา เอเชีย ยุโรป ออสเตรเลีย อเมริกาเหนือและใต้ และหมู่เกาะขนาดเล็ก ในภาพรวม การสูญพันธุ์สมัยโฮโลซีนมีส่วนเชื่อมโยงกับผลกระทบของมนุษย์ต่อสิ่งแวดล้อม การสูญพันธุ์นี้ยังดำเนินต่อไปในคริสต์ศตวรรษที่ 21 จากการบริโภคเนื้อสัตว์ การจับปลาเกินขนาด และการกลายเป็นกรดของมหาสมุทร การลดลงของประชากรสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก[16] เป็นตัวอย่างหนึ่งของความหลากหลายทางชีวภาพที่ลดลงทั่วโลก การเติบโตของประชากรมนุษย์และการบริโภคต่อหัวที่มากขึ้นถูกมองว่าเป็นตัวขับเคลื่อนหลักของการลดลงนี้[17][18][19][20]รายงานการประเมินทั่วโลกว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพและนิเวศบริการ ซึ่งองค์การวิทยาศาสตร์และนโยบายระหว่างรัฐบาลว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพและนิเวศบริการแห่งสหประชาชาติตีพิมพ์เผยแพร่ใน ค.ศ. 2019 ได้ตั้งสมมุติฐานว่ามีพืชและสัตว์ประมาณ 1 ล้านสปีชีส์เผชิญกับการสูญพันธุ์ภายในไม่กี่ทศวรรษด้วยผลจากการกระทำของมนุษย์[20][21][22][23] ตามรายงานฉบับดังกล่าวซึ่งเป็นผลการศึกษาสุขภาพของโลกที่ครอบคลุมมากที่สุดเท่าที่เคยมีมานั้น การดำรงอยู่ของมนุษย์อย่างเป็นระเบียบได้รับผลกระทบจากการทำลายระบบที่สนับสนุนสิ่งมีชีวิตบนโลกอย่างรวดเร็วขึ้นเรื่อย ๆ[24]