เทคนิคการหาลำดับนิวคลีโอไทด์นี้มีข้อดีมากกว่าวิธีการหาลำดับนิวคลีโอไทด์แบบเดิม เช่น Sanger sequencing เนื่องจาก เทคนิคการทำ Illumina sequencing สามารถที่จะหาลำดับนิวคลีโอไทด์ได้พร้อมกันหลายเส้น ซึ่งมีความถูกต้องแม่นยำที่สูงและรวดเร็ว นอกจากนี้ เทคนิคการทำ Illumina sequencing ใช้ DNA polymerase ที่มีราคาถูกกว่าที่ใช้ในเทคนิคอื่น