หลักฐานที่เป็นลายลักษณ์อักษรชิ้นแรกๆ ซึ่งบันทึกเกี่ยวกับขนมขิงน้ำผึ้งที่ผสมเครื่องเทศ นั้นมีอายุราวๆ 350 ปีก่อนคริสตกาล ชาวอียิปต์โบราณมีขนมอบที่ใช้น้ำผึ้งเป็นสารให้ความหวาน และเป็นขนมที่ต้องใช้ในพิธีศพ ชาวโรมันมีขนมที่เรียกว่า พานุส เมลลิทุส (panus mellitus) ซึ่งก็คือขนมที่ทาหน้าด้วยน้ำผึ้ง แล้วนำไปอบ ในสมัยก่อนนั้นต่างจากปัจจุบันคือ การรับประทานขนมขิงไม่เพียงเป็นที่นิยมเฉพาะในช่วงเทศกาลคริสต์มาสเท่านั้น แต่รวมไปถึงในช่วงเทศกาลอีสเตอร์ (เทศกาลฉลองการคืนชีพของพระเยซู) หรือช่วงเวลาอื่นๆด้วย ขนมขิงนั้นจัดเป็นหนึ่งในอาหารที่นิยมรับประทานในช่วงเวลาถือศีลอด และอาจเสิร์ฟพร้อมกับเบียร์ดีกรีสูง เป็นต้น

ขนมขิงในรูปแบบที่รู้จักกันในปัจจุบันมีต้นกำเนิดจากเมืองดิแนนท์ในเบลเยี่ยม จากนั้นชาวเมืองอาคเคนได้รับมาดัดแปลง (อ้างอิงจากประวัติขนมขิงตำรับเมืองอาคเคน หรือ Aachener Printen) และท้ายที่สุดคณะนักบวชในฝรั่งเศสก็รับขนมชนิดนี้มา และดัดแปลงอีกเล็กน้อย คณะแม่ชีในสมัยนั้นจะอบขนมขิงเพื่อใช้เป็นของหวาน

ชื่อเรียกว่า เฟฟเฟอร์คูเคน หรือขนมขิงพริกไทยนั้นมีมาแล้วตั้งแต่ปี ค.ศ. 1296 ที่เมืองอูล์ม ประเทศเยอรมนี และในศตวรรษที่ 14 ขนมอบชนิดนี้ก็เป็นที่รู้จักในเมืองนูเรมเบิร์กและบริเวณใกล้เคียง โดยผู้รับมาคือคณะพระนักบวช ต้นตำรับของเมืองนูเรมเบิร์กนี้มีที่มาจากอารามคริสตจักรที่เมืองไฮลส์บรอนน์ซึ่งอยู่ไม่ไกลออกไป ขนมขิงนั้นเป็นที่นิยมเนื่องจากไม่เสียง่ายและสามารถเก็บไว้รับประทานได้นาน เหล่านักบวชมักจะนำไปแจกจ่ายให้กับประชาชนในช่วงเวลาอดอยากแร้นแค้น

เนื่องจากการอบขนมขิงจำเป็นต้องใช้เครื่องเทศหายากจากแดนไกล เมืองต่างๆที่เป็นศูนย์กลางการค้าสำคัญจึงมีประเพณีการทำขนมขิงที่มีประวัติอันยาวนาน นอกจากเมืองนูเรมเบิร์กและพุลสนิทซ์แล้ว ยังรวมไปถึงเมืองเอาก์สบูร์ก โคโลญจน์ และบาเซลด้วย ที่เมืองมิวนิกมีรายชื่ออาชีพ “เลบเซลเทอร์ (Lebzelter) ” ในทะเบียนภาษีมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1370 ซึ่งก็คือ คนทำขนมขิงนั่นเอง ที่เมืองนี้จะมีการทำขนมขิงให้เป็นรูปร่างต่างๆกัน และแต่งหน้าด้วยน้ำตาลหลากสี ในขณะที่ขนมขิงตำรับเมืองนูเรมเบิร์กจะตกแต่งด้วยอัลมอนด์และผงเปลือกมะนาว

ขนมขิงตำรับเมืองธอร์นหรือที่รู้จักกันในชื่อ ธอร์นเนอร์ ฟลาสเตอร์ชไตน์เนอ (Thorner Pflastersteine) ก็มีชื่อเสียงเช่นกัน ขนมขิงตำรับนี้มาจากเมืองทางอาณาเขต ปรัสเซียตะวันตกที่ชื่อ ธอร์น ซึ่งปัจจุบันกลายเป็นเมืองโตรัน (Toruń) ของโปแลนด์มาตั้งแต่ปีค.ศ.1919 ขนมขิงตำรับนี้ยังมีอีกสองฉายา คือ คาทรินเช็น (Kathrinchen) ซึ่งมีที่มาจากชื่อโบสถ์ของนักบุญคาธารินาแห่ง อเล็กซานเดรีย และฉายาว่า ไนซ์เซอร์ คอนเฟคท์ (Neisser Konfekt) ซึ่งมีที่มาจากชื่อเมืองไนซ์เซ ในเขตซิเลเซียที่ถูกเยอรมนียึดครองมาตั้งแต่ศตวรรษที่ 16

ในสมัยก่อนขนมขิงซึ่งเรียกว่า เลบคัวเค (Lebkuoche) ในภาษาเยอรมันยุคกลาง จะอบโดยวางบนแป้นพิมพ์ในโรงอบขนมปังของโบสถ์ ซึ่งเป็นสถานที่อบขนมปังกลมที่เรียกว่า แผ่นศีล อยู่แล้ว ในตอนใต้ของเยอรมนีและประเทศออสเตรียจะเรียกขนมปังนี้ว่า เซลเทอ (Zelte) และเรียกคนอบขนมปังว่า เลบเซลเทอร์ (Lebzelter) ซึ่งไม่ว่าจะเป็นคนทำขนมขิง หรือ เลบเซลเทอร์ ก็จัดอยู่ในกลุ่มสายอาชีพเดียวกันนั่นเอง

การคิดค้นผงฟูในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 มีบทบาทต่อวิวัฒนาการของขนมขิง ผงฟูทำให้ส่วนฐานที่เป็นแป้งนั้นพองฟูขึ้น ด้วยเหตุนี้จึงทำให้เกิดขนมอบขึ้นหลายชนิดที่มีรสชาติและความเหนียวทั้งเหมือนและไม่เหมือนกับขนมขิงต้นแบบ ตัวอย่างเช่น ขนมขิงน้ำผึ้งและขนมขิงเครื่องเทศในรูปแบบต่างๆหลายชนิด